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万見
- PDB-4e61: Crystal structure of the EB1-like motif of Bim1p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+61
タイトルCrystal structure of the EB1-like motif of Bim1p
要素Protein BIM1
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / EB1-like motif / coiled-coil (コイルドコイル) / spindle orientation / mitosis (有糸分裂) / Kar9p / phosphorylation (リン酸化) / mitotic spindle (紡錘体) / microtubules (微小管)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to microtubule plus-end / mitotic spindle orientation checkpoint signaling / 2-micrometer plasmid partitioning / nuclear migration along microtubule / protein localization to microtubule / microtubule plus-end / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule plus-end binding / 微小管形成中心 / microtubule depolymerization ...protein localization to microtubule plus-end / mitotic spindle orientation checkpoint signaling / 2-micrometer plasmid partitioning / nuclear migration along microtubule / protein localization to microtubule / microtubule plus-end / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule plus-end binding / 微小管形成中心 / microtubule depolymerization / mitotic sister chromatid cohesion / spindle assembly / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle midzone / cytoplasmic microtubule / positive regulation of microtubule polymerization / 紡錘体 / 紡錘体 / 細胞分裂
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1430 / EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1430 / EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Huels, D. / Storchova, Z. / Niessing, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Post-translational Modifications Regulate Assembly of Early Spindle Orientation Complex in Yeast.
著者: Huls, D. / Storchova, Z. / Niessing, D.
履歴
登録2012年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein BIM1
B: Protein BIM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6162
ポリマ－23,6162
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.000, 42.500, 100.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein BIM1


分子量: 11808.162 Da / 分子数: 2
断片: C-terminal domain, EB1-like motif (UNP residues 182-282)
由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence GPLGS at the N-terminus is derived from expression vector
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: BY4741 Mata / 遺伝子: BIM1, YER016W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P40013

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 8.0, 20% PEG 5000MME, 40% gamma-butyrlactone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.25433 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月26日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25433 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→20 Å / Num. all: 8938 / Num. obs: 8832 / % possible obs: 98.81 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 13.12
反射 シェル解像度: 2.45→2.59 Å / % possible all: 98.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XCUBEデータ収集
SHELXCモデル構築
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
BUSTER-TNT2.X精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Not fully refined model after structure determination by SAD with potassium tetranitroplatinate(II)-soaked crystals.

解像度: 2.45→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2411 418 Random
Rwork0.2109 --
all0.2123 8937 -
obs-8832 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1363 0 0 0 1363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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