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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dct | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of B. subtilis EngA in complex with half-occupacy GDP | ||||||
要素 | GTP-BINDING PROTEIN ENGA | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GTPASE (GTPアーゼ) / ENGA / GDP / PROTEIN BINDING (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Reiser, J.-B. / Housset, D. / Foucher, A.-E. / Jault, J.-M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2012 タイトル: Potassium Acts as a GTPase-Activating Element on Each Nucleotide-Binding Domain of the Essential Bacillus subtilis EngA. 著者: Foucher, A.E. / Reiser, J.B. / Ebel, C. / Housset, D. / Jault, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dct.cif.gz | 100.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dct.ent.gz | 74.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dct.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dct | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50999.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: der, engA, yphC, BSU22840 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P50743 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% PEG 3350 w/v, 100 mM Mes, 100 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→42 Å / Num. all: 20375 / Num. obs: 20375 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2300 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 92.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 2HJG 解像度: 2.3→41.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 9.01 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.439 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.864 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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