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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dbw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 (AKR1C3) in complex with NADP+ and 2'-desmethyl-indomethacin | ||||||
要素 | Aldo-keto reductase family 1 member C3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / castrate resistant prostate cancer / AKR1C3 selective inhibitor / TIM Barrel (TIMバレル) / steroid metabolism (ステロイド) / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 prostaglandin-F synthase / テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin-F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3β(or 20α)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process ...prostaglandin-F synthase / テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin-F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3β(or 20α)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 3α(17β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / phenanthrene 9,10-monooxygenase activity / macromolecule metabolic process / regulation of testosterone biosynthetic process / cellular response to jasmonic acid stimulus / 3α(or20β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process / RA biosynthesis pathway / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin D stimulus / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / aldo-keto reductase (NADPH) activity / cyclooxygenase pathway / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / retinal dehydrogenase activity / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Retinoid metabolism and transport / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / keratinocyte differentiation / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / response to nutrient / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, M. / Christianson, D.W. / Marnett, L.J. / Penning, T.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013 タイトル: Development of potent and selective indomethacin analogues for the inhibition of AKR1C3 (Type 5 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase/prostaglandin F synthase) in castrate-resistant prostate cancer. 著者: Liedtke, A.J. / Adeniji, A.O. / Chen, M. / Byrns, M.C. / Jin, Y. / Christianson, D.W. / Marnett, L.J. / Penning, T.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dbw.cif.gz | 157.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dbw.ent.gz | 122.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dbw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/4dbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/4dbw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1s2aS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36896.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / プラスミド: PET16B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: P42330, EC: 1.1.1.213, インダノールデヒドロゲナーゼ, prostaglandin-F synthase, EC: 1.1.1.63, テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ, Trans-1,2- ...参照: UniProt: P42330, EC: 1.1.1.213, インダノールデヒドロゲナーゼ, prostaglandin-F synthase, EC: 1.1.1.63, テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ, Trans-1,2-ジヒドロベンゼン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-511 / [ #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | H5Q IS A NATURAL VARIANT. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 15% PEG8000, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 62653 / Num. obs: 60585 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1S2A 解像度: 1.802→35.057 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8003 / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 26.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.87 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.6 Å2 / Biso mean: 28.4614 Å2 / Biso min: 11.67 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.802→35.057 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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