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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d3c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the NK1 domain of HGF in complex with anti-HGF monoclonal antibody SFN68. | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / myoblast proliferation / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates PTK2 signaling / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / chemoattractant activity / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / 上皮間葉転換 / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Interleukin-7 signaling / cell chemotaxis / negative regulation of autophagy / platelet alpha granule lumen / liver development / epithelial cell proliferation / growth factor activity / cell morphogenesis / Negative regulation of MET activity / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å | ||||||
データ登録者 | Kang, Y.J. / Kim, K.L. / Cho, H.S. / Chung, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: A mechanistic basis for converting a receptor tyrosine kinase agonist to an antagonist. 著者: Kang, Y.J. / Kim, K.L. / Cho, H.S. / Chung, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4d3c.cif.gz | 121.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4d3c.ent.gz | 92.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4d3c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/4d3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/4d3c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22242.359 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 23-210 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P14210 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23230.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RABBIT/HUMAN CHIMERIC ANTIBODY / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
#3: 抗体 | 分子量: 22974.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RABBIT/HUMAN CHIMERIC ANTIBODY / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KM01*PLUS |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93.15 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / タイプ: PAL/PLS / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.62→29.79 Å / Num. obs: 25541 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1JPT, 1NK1. 解像度: 2.62→29.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 15.56 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.511 / ESU R Free: 0.328 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.704 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→29.79 Å
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拘束条件 |
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