PDB-4cn4: GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor E423A mutant with 2-d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cn4

タイトル

GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor E423A mutant with 2-deoxy- 2-fluoro-beta-maltosyl modification

要素

ALPHA-1,4-GLUCAN\:MALTOSE-1-PHOSPHATE MALTOSYLTRANSFERASE 1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / ALPHA-GLUCAN BIOSYNTHESIS / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 13_3 /

DRUG TARGET (生物学的標的)

機能・相同性

機能・相同性情報

starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / oligosaccharide catabolic process /

hexosyltransferase activity /

alpha-amylase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Rashid, A.M. / Saalbach, G. / Tang, M. / Tuukanen, A. / Svergun, D.I. / Withers, S.G. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structural Insight Into How Streptomyces Coelicolor Maltosyl Transferase Glge Binds Alpha-Maltose 1-Phosphate and Forms a Maltosyl-Enzyme Intermediate.
著者: Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Rashid, A.M. / Saalbach, G. / Tang, M. / Tuukkanen, A. / Svergun, D.I. / Withers, S.G. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.

履歴

登録	2014年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cn4.cif.gz	525.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cn4.ent.gz	432.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cn4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cn1C 4cn6C 3zssS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cn6-d 3zt6-1 3zst-2 5vsj-d 4cn1-d 3zt7-1 3zt5-1 4u2z-d 4u2y-d 3zt5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ALPHA-1,4-GLUCAN\:MALTOSE-1-PHOSPHATE MALTOSYLTRANSFERASE 1

B: ALPHA-1,4-GLUCAN\:MALTOSE-1-PHOSPHATE MALTOSYLTRANSFERASE 1

ヘテロ分子

156 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.000, 113.000, 312.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

ALPHA-1,4-GLUCAN\:MALTOSE-1-PHOSPHATE MALTOSYLTRANSFERASE 1 / GMPMT 1 / (1->4)-ALPHA-D-GLUCAN MALTOSE-1-PHOSPHATE ALPHA-D-MALTOSYLTRANSFERASE 1 / PEP1A / SCO5443 ...

分子量: 77506.812 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
株: M145 / プラスミド: PET15B-GLGE1-M145 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: Q9L1K2,

starch synthase (maltosyl-transferring)

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 344.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

INCLUDES AN ADDITIONAL 20 RESIDUES AT THE N-TERMINUS FOR NICKEL AFFINITY PURIFICATION. RESIDUE 423 ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.917
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50.54 Å / Num. obs: 79517 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 43.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZSS

3zss

解像度: 2.4→50.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 12.12 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20848	3985	5 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.18525	75425	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.88 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10162	0	44	418	10624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	10577
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	9755
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.949	14494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.907	3.002	22392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.865	5	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.856	22.349	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.38	15	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.481	15	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	12031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.088	2.147	5204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.088	2.147	5203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.747	3.219	6505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.334	2.28	5373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.403→2.466 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	286	-
R_work	0.335	5232	-
obs	-	-	95.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2605	0.0539	0.779	0.7604	0.2258	6.8326	-0.0175	0.2475	-0.0366	-0.0788	-0.1	-0.1085	0.2706	0.5032	0.1175	0.2452	0.094	0.0563	0.2383	-0.0189	0.2321	42.2446	-32.3023	-4.8789
2	5.4267	0.8822	-0.646	4.4405	-0.6634	5.9101	-0.2732	-0.178	-0.4131	0.229	-0.1392	0.0932	0.4926	0.1538	0.4124	0.6163	0.1252	0.1359	0.5469	-0.058	0.4847	53.5814	-47.2079	-25.436
3	0.5064	-0.0562	0.1514	1.1456	-0.0341	1.2976	0.0439	-0.0044	0.0212	0.2788	-0.0216	-0.0071	0.0065	0.0291	-0.0223	0.3731	0.0054	-0.0057	0.0069	-0.001	0.1688	32.2796	-29.0352	31.7447
4	2.935	1.4232	0.6811	2.8007	-0.498	0.7352	0.1461	0.3072	-0.5684	-0.4454	-0.0031	-0.0744	0.6115	0.1051	-0.143	0.7638	0.0485	-0.0484	0.1007	-0.0696	0.2724	29.6138	-55.4274	15.5484
5	0.4778	-0.0935	-0.0094	1.856	0.7244	5.9783	0.008	0.0914	0.0044	-0.0618	-0.1181	0.0573	-0.2034	-0.1145	0.1101	0.2381	0.0518	0.0115	0.0701	-0.0321	0.2031	20.9359	-10.6925	3.987
6	7.2029	0.3501	-1.4963	4.5154	0.2187	7.9116	0.0098	0.4405	0.1914	0.003	0.0757	0.2411	0.152	-1.0614	-0.0855	0.3697	0.0319	0.0761	0.394	-0.0191	0.4151	7.0637	1.5828	25.1891
7	0.5306	0.0683	0.0414	0.6396	0.6644	2.6798	-0.0864	0.3076	-0.0645	-0.2501	0.0067	-0.0071	-0.2799	0.0896	0.0797	0.3196	-0.0127	0.007	0.2912	-0.0279	0.2211	26.7962	-19.9172	-34.4635
8	1.4916	0.1313	0.9483	1.2451	0.3306	2.621	-0.0179	-0.2675	-0.1978	0.1199	-0.1166	0.3877	0.1845	-0.954	0.1345	0.2707	-0.0339	0.0206	0.5488	-0.0894	0.3097	5.1066	-27.6912	-21.5548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	116 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	190 - 557
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	558 - 663
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	15 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	116 - 189
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	190 - 425
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	426 - 663

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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