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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cjb | |||||||||
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タイトル | orthorhombic crystal form of Bogt6a E192Q in complex with GalNAc | |||||||||
要素 | GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY 6 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hexosyltransferase activity / carbohydrate metabolic process / nucleotide binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | BACTEROIDES OVATUS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Pham, T. / Stinson, B. / Thiyagarajan, N. / Lizotte-Waniewski, M. / Brew, K. / Acharya, K.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014 タイトル: Structures of Complexes of a Metal-Independent Glycosyltransferase Gt6 from Bacteroides Ovatus with Udp-Galnac and its Hydrolysis Products. 著者: Pham, T.T.K. / Stinson, B. / Thiyagarajan, N. / Lizotte-Waniewski, M. / Brew, K. / Acharya, K.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cjb.cif.gz | 204.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cjb.ent.gz | 166.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cjb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/4cjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/4cjb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29037.072 Da / 分子数: 4 / 断片: ACTIVE SITE, RESIDUES 1-246 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTEROIDES OVATUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A7LVT2, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase #2: 糖 | ChemComp-A2G / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | WITH HIS-TAG | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: 0.1M NA CITRATE, PH 5.0 20% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289.15 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月3日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.78→67.63 Å / Num. obs: 29475 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: PDB ENTRY 4AYL 解像度: 2.78→67.63 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.78→67.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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