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万見
- PDB-4c4z: Crystal structure of human bifunctional epoxide hydroxylase 2 com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c4z
タイトルCrystal structure of human bifunctional epoxide hydroxylase 2 complexed with A8
要素BIFUNCTIONAL EPOXIDE HYDROLASE 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / DRUG DESIGN (医薬品設計) / MULTIPLE BINDING MODES
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / epoxide metabolic process / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / epoxide metabolic process / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / epoxide hydrolase activity / regulation of cholesterol metabolic process / phosphatase activity / peroxisomal matrix / toxic substance binding / 脱リン酸化 / cholesterol homeostasis / Peroxisomal protein import / response to toxic substance / ペルオキシソーム / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / Epoxide hydrolase-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / Epoxide hydrolase-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-ethyl-3-naphthalen-1-ylurea / Bifunctional epoxide hydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / その他 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Pilger, J. / Mazur, A. / Monecke, P. / Schreuder, H. / Elshorst, B. / Langer, T. / Schiffer, A. / Krimm, I. / Wegstroth, M. / Lee, D. ...Pilger, J. / Mazur, A. / Monecke, P. / Schreuder, H. / Elshorst, B. / Langer, T. / Schiffer, A. / Krimm, I. / Wegstroth, M. / Lee, D. / Hessler, G. / Wendt, K.-U. / Becker, S. / Griesinger, C.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: A Combination of Spin Diffusion Methods for the Determination of Protein-Ligand Complex Structural Ensembles.
著者: Pilger, J. / Mazur, A. / Monecke, P. / Schreuder, H. / Elshorst, B. / Bartoschek, S. / Langer, T. / Schiffer, A. / Krimm, I. / Wegstroth, M. / Lee, D. / Hessler, G. / Wendt, K. / Becker, S. / Griesinger, C.
履歴
登録2013年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32021年2月24日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_site
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIFUNCTIONAL EPOXIDE HYDROLASE 2
B: BIFUNCTIONAL EPOXIDE HYDROLASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1704
ポリマ－74,7422
非ポリマー4292
水10,845602
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.490, 79.850, 87.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BIFUNCTIONAL EPOXIDE HYDROLASE 2 / BIFUNCTIONAL EPOXIDE HYDROXYLASE 2 / CYTOSOLIC EPOXIDE HYDROLASE 2 / CEH / EPOXIDE HYDRATASE / ...BIFUNCTIONAL EPOXIDE HYDROXYLASE 2 / CYTOSOLIC EPOXIDE HYDROLASE 2 / CEH / EPOXIDE HYDRATASE / SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE / SEH / LIPID-PHOSPHATE PHOSPHATASE


分子量: 37370.926 Da / 分子数: 2 / 断片: EPOXIDE HYDROXYLASE DOMAIN RESIDUES 230-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase, lipid-phosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-W9L / 1-ethyl-3-naphthalen-1-ylurea / 1-(1-ナフチル)-3-エチル尿素


分子量: 214.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.3 / 詳細: pH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月21日 / 詳細: OSMIC MAXFLUX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→79.85 Å / Num. obs: 36430 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 82.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 2.06→28.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8672 / SU R Cruickshank DPI: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.349 / SU Rfree Blow DPI: 0.221 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.216
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2549 7.17 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.2223 35547 89.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9085 Å20 Å2-2.9787 Å2
2--7.8062 Å20 Å2
3----8.7146 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.323 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→28.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5124 0 32 602 5758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0075310HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.927200HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1808SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes760HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5310HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion640SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6643SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.12 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2938 196 7.43 %
Rwork0.2422 2442 -
all0.246 2638 -
obs--89.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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