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万見
- PDB-4c4m: Crystal structure of the Sonic Hedgehog-chondroitin-4-sulphate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c4m
タイトルCrystal structure of the Sonic Hedgehog-chondroitin-4-sulphate complex
要素SONIC HEDGEHOG PROTEINソニック・ヘッジホッグ
キーワードSIGNALING PROTEIN / HEDGEHOG SIGNALLING / MORPHOGENS / HEPARAN SULPHATE PROTEOGLYCANS / GLYCOSAMINOGLYCANS (グリコサミノグリカン)
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain regionalization / cell proliferation in external granule layer / zona limitans intrathalamica formation / positive regulation of neurotrophin production / positive regulation of photoreceptor cell differentiation / fungiform papilla development / Release of Hh-Np from the secreting cell / digestive tract mesoderm development / epithelial-mesenchymal signaling involved in prostate gland development / fungiform papilla morphogenesis ...forebrain regionalization / cell proliferation in external granule layer / zona limitans intrathalamica formation / positive regulation of neurotrophin production / positive regulation of photoreceptor cell differentiation / fungiform papilla development / Release of Hh-Np from the secreting cell / digestive tract mesoderm development / epithelial-mesenchymal signaling involved in prostate gland development / fungiform papilla morphogenesis / ventral spinal cord interneuron specification / tongue morphogenesis / respiratory tube development / Ligand-receptor interactions / Activation of SMO / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / trachea development / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / anatomical structure formation involved in morphogenesis / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / regulation of odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / polarity specification of anterior/posterior axis / trunk neural crest cell migration / hindgut morphogenesis / striated muscle tissue development / myotube differentiation / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of glial cell proliferation / regulation of prostatic bud formation / positive regulation of penile erection / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / neural tube formation / formation of anatomical boundary / lung epithelium development / positive regulation of striated muscle cell differentiation / trachea morphogenesis / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cholesterol-protein transferase activity / bud outgrowth involved in lung branching / telencephalon regionalization / epithelial-mesenchymal cell signaling / : / laminin-1 binding / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / Hedgehog ligand biogenesis / salivary gland cavitation / negative regulation of cholesterol efflux / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / spinal cord dorsal/ventral patterning / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / 細胞生物学 / negative regulation of T cell differentiation in thymus / spinal cord motor neuron differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / intermediate filament organization / cerebellar granule cell precursor proliferation / mesenchymal cell apoptotic process / embryonic skeletal system development / prostate gland development / establishment of epithelial cell polarity / male genitalia morphogenesis / limb bud formation / lung lobe morphogenesis / skeletal muscle fiber differentiation / fungiform papilla formation / thalamus development / embryonic foregut morphogenesis / patched binding / embryonic digestive tract morphogenesis / somite development / hindbrain development / negative thymic T cell selection / positive regulation of skeletal muscle tissue development / ectoderm development / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / animal organ formation / neuron fate commitment / dorsal/ventral neural tube patterning / stem cell development / branching involved in prostate gland morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / skeletal muscle cell proliferation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / oligodendrocyte development / lymphoid progenitor cell differentiation / mesenchymal cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Hedgehog, N-terminal signalling domain / ヘッジホッグシグナル伝達経路 / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region ...Hedgehog, N-terminal signalling domain / ヘッジホッグシグナル伝達経路 / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / ソニック・ヘッジホッグ
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Whalen, D.M. / Malinauskas, T. / Gilbert, R.J.C. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural Insights Into Proteoglycan-Shaped Hedgehog Signaling.
著者: Whalen, D.M. / Malinauskas, T. / Gilbert, R.J.C. / Siebold, C.
履歴
登録2013年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SONIC HEDGEHOG PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9096
ポリマ－18,7681
非ポリマー1,1415
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.350, 55.660, 71.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 SONIC HEDGEHOG PROTEIN / ソニック・ヘッジホッグ / SHH / HHG-1


分子量: 18768.016 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TEMINAL SIGNALLING DOMAIN, RESIDUES 40-195 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q62226
#2: 多糖 beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta- ...beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 936.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpAb1-3DGalpNAc[4S]b1-4DGlcpAb1-3DGalpNAc[4S]b1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O_4*OSO/3=O/3=O][a2122A-1b_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpNAc4SO3]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GalpNAc4SO3]{[(3+1)][b-D-4-deoxy-GlcpA]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 133分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細BETA-D-GLUCOPYRANURONIC ACID (BDP): THE OLIGOSACCHARIDE CHAIN BDP-ASG IS CONTINUOUS RUNNING THROUGH ...BETA-D-GLUCOPYRANURONIC ACID (BDP): THE OLIGOSACCHARIDE CHAIN BDP-ASG IS CONTINUOUS RUNNING THROUGH SEVERAL UNIT CELLS.
配列の詳細CONSTRUCT CONTAINS TWO ADDITIONAL N-TERMINAL RESIDUES (MA) AND 6 ADDITIONAL C-TERMINAL RESIDUES (HHHHHH)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.17 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 25% (W/V) PEG 3350, 100 MM HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器日付: 2012年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→43.8 Å / Num. obs: 17037 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 17.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.74→1.79 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→43.828 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1934 861 5.1 %
Rwork0.1602 --
obs0.1618 16992 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→43.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1228 0 67 129 1424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1181792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.064512
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.8490.27781500.20052608X-RAY DIFFRACTION100
1.849-1.99180.21861480.17582647X-RAY DIFFRACTION100
1.9918-2.19220.19561290.15622665X-RAY DIFFRACTION100
2.1922-2.50940.18311650.15742665X-RAY DIFFRACTION100
2.5094-3.16150.20251350.17482699X-RAY DIFFRACTION100
3.1615-43.84150.17091340.14472847X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.7888 Å / Origin y: -3.2345 Å / Origin z: -13.019 Å
111213212223313233
T0.0505 Å2-0.0033 Å20.001 Å2-0.0465 Å20.0113 Å2--0.0539 Å2
L0.6269 °2-0.2437 °20.0228 °2-0.6131 °2-0.4125 °2--0.8462 °2
S-0.0113 Å °0.016 Å °-0.0071 Å °-0.0126 Å °-0.0649 Å °-0.1002 Å °0.0253 Å °0.042 Å °-0.2067 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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