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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bxf | ||||||
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タイトル | 60S ribosomal protein L27A histidine hydroxylase (MINA53 Y209C) in complex with MN(II), 2-oxoglutarate (2OG) and 60S ribosomal protein L27A (RPL27A G37C) peptide fragment | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE/TRANSLATION / OXIDOREDUCTASE-TRANSLATION COMPLEX / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NON-HEME / IRON-BINDING / DSBH / DIOXYGENASE / JMJC DOMAIN / RIBOSOME BIOGENESIS (リボソーム生合成) / NUCLEAR PROTEIN / BETA-HYDROXYLATION (ヒドロキシル化) / TRANSCRIPTION AND EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / ヒドロキシル化 / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency ...protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / ヒドロキシル化 / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / histone demethylase activity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytosolic ribosome / HDMs demethylate histones / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / transcription corepressor activity / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / transcription regulator complex / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / シナプス / 核小体 / 小胞体 / RNA binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Chowdhury, R. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Ribosomal oxygenases are structurally conserved from prokaryotes to humans. 著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. ...著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Doherty, A.J. / Schofield, C.J. #1: ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012 タイトル: Oxygenase-Catalyzed Ribosome Hydroxylation Occurs in Prokaryotes and Humans. 著者: Ge, W. / Wolf, A. / Feng, T. / Ho, C. / Sekirnik, R. / Zayer, A. / Granatino, N. / Cockman, M.E. / Loenarz, C. / Loik, N.D. / Hardy, A.P. / Claridge, T.D.W. / Hamed, R.B. / Chowdhury, R. / ...著者: Ge, W. / Wolf, A. / Feng, T. / Ho, C. / Sekirnik, R. / Zayer, A. / Granatino, N. / Cockman, M.E. / Loenarz, C. / Loik, N.D. / Hardy, A.P. / Claridge, T.D.W. / Hamed, R.B. / Chowdhury, R. / Gong, L. / Robinson, C.V. / Trudgian, D.C. / Jiang, M. / Mackeen, M.M. / Mccullagh, J.S. / Gordiyenko, Y. / Thalhammer, A. / Yamamoto, A. / Yang, M. / Liu-Yi, P. / Zhang, Z. / Schmidt-Zachmann, M. / Kessler, B.M. / Ratcliffe, P.J. / Preston, G.M. / Coleman, M.L. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bxf.cif.gz | 190.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bxf.ent.gz | 147.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bxf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/4bxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/4bxf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2xdvC 4bu2SC 4ccjC 4cckC 4cclC 4ccmC 4ccnC 4ccoC 4cswC 4cugC 4litC 4liuC 4livC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50372.215 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-465 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8IUF8, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q8IUF8, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2279.565 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 32-50 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P46776 #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: VAPOR DIFFUSION SITTING DROP. 0.1M BIS-TRIS PROPANE PH 8.5, 0.02M NA-K-PHOSPHATE, 20-22% (W/V) PEG 3350, 0.002 M MNCL2, TEMPERATURE 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月16日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→64.83 Å / Num. obs: 64784 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4BU2 解像度: 2.05→64.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 298958.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.7167 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→64.83 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 7
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Xplor file |
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