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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4blw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Escherichia coli 23S rRNA (A2030-N6)- methyltransferase RlmJ in complex with S-adenosylhomocysteine (AdoHcy) and Adenosine monophosphate (AMP) | ||||||
要素 | RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE JリボソームRNA | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / N6-METHYLADENINE (Damメチラーゼ) / ROSSMANN-LIKE FOLD / SUBDOMAIN INSERTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase / 23S rRNA (adenine(2030)-N(6))-methyltransferase activity / rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / carbon utilization / rRNA base methylation / RNA binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Punekar, A.S. / Liljeruhm, J. / Shepherd, T.R. / Forster, A.C. / Selmer, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013 タイトル: Structural and Functional Insights Into the Molecular Mechanism of Rrna M6A Methyltransferase Rlmj. 著者: Punekar, A.S. / Liljeruhm, J. / Shepherd, T.R. / Forster, A.C. / Selmer, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4blw.cif.gz | 140.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4blw.ent.gz | 108.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4blw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/4blw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/4blw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.0035, 0.0062), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33088.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: SPECIFICALLY MONOMETHYLATES THE ADENINE IN POSITION 2030 OF 23S RRNA 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PEXP5-CT/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P37634, 23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase |
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-非ポリマー , 7種, 359分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 0.2 M SODIUM SULFATE DECAHYDRATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% W/V PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.3776 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→46 Å / Num. obs: 41777 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4BLU 解像度: 1.95→45.951 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.85 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: RESIDUE 280 IN CHAIN B IS DISORDERED AND WAS NOT MODELED.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.951 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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