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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b69 | ||||||
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タイトル | A. fumigatus ornithine hydroxylase (SidA) bound to ornithine | ||||||
要素 | L-ORNITHINE N5 MONOOXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SIDEROPHORE (シデロホア) / FLAVIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / siderophore-dependent iron import into cell / ergosterol biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / siderophore biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / NADP+ binding ...L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / siderophore-dependent iron import into cell / ergosterol biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / siderophore biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / NADP+ binding / monooxygenase activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ASPERGILLUS FUMIGATUS (アスペルギルス・フミガーツス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Franceschini, S. / Fedkenheuer, M. / Vogelaar, N.J. / Robinson, H.H. / Sobrado, P. / Mattevi, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Structural Insight Into the Mechanism of Oxygen Activation and Substrate Selectivity of Flavin-Dependent N-Hydroxylating Monooxygenases. 著者: Franceschini, S. / Fedkenheuer, M. / Vogelaar, N.J. / Robinson, H.H. / Sobrado, P. / Mattevi, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4b69.cif.gz | 195.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4b69.ent.gz | 154.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4b69.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/4b69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/4b69 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 56959.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (アスペルギルス・フミガーツス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5SE95, UniProt: E9QYP0*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 130分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-ORN / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, WITH A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING; 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES, 2% DIOXANE, PH 6.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / タイプ: LNLS / 波長: 1 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 21523 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 24.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4B63 解像度: 2.3→42.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 12.533 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.417 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.924 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.24 Å
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拘束条件 |
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