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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4atw | ||||||
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タイトル | The crystal structure of Arabinofuranosidase | ||||||
要素 | ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE DOMAIN PROTEIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / TAF / ARABINOFURANOSIDASE / THERMOSTABLE (耐熱性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-arabinose metabolic process / alpha-L-arabinofuranosidase activity / polysaccharide catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | THERMOTOGA MARITIMA MSB8 (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Dumbrepatil, A. / Song, H.-N. / Jung, T.-Y. / Kim, T.-J. / Woo, E.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Microbiol.Biotech. / 年: 2012 タイトル: Structural Analysis of Alpha-L-Arabinofuranosidase from Thermotoga Maritima Reveals Characteristics for Thermostability and Substrate Specificity. 著者: Dumbrepatil, A. / Park, J. / Jung, T.-Y. / Song, H.-N. / Jang, M. / Han, N.S. / Kim, T.-J. / Woo, E.-J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4atw.cif.gz | 559.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4atw.ent.gz | 478.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4atw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/4atw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/4atw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55099.293 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 2-482 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA MSB8 (テルモトガ・マリティマ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): MC1061 参照: UniProt: G4FHJ5, UniProt: Q9WYB7*PLUS, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 10% PEG 8000, 0.1 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.5), 0.2 M MAGNESIUM ACEATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→29.94 Å / Num. obs: 60127 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.28 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / % possible all: 93.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→29.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 98388.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 15.4997 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→29.94 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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