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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4aqy | ||||||
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タイトル | Structure of ribosome-apramycin complexes | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / APRAMYCIN (アプラマイシン) / TOXICITY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding ...small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Matt, T. / Ng, C.L. / Lang, K. / Sha, S.H. / Akbergenov, R. / Shcherbakov, D. / Meyer, M. / Duscha, S. / Xie, J. / Dubbaka, S.R. ...Matt, T. / Ng, C.L. / Lang, K. / Sha, S.H. / Akbergenov, R. / Shcherbakov, D. / Meyer, M. / Duscha, S. / Xie, J. / Dubbaka, S.R. / Perez-Fernandez, D. / Vasella, A. / Ramakrishnan, V. / Schacht, J. / Bottger, E.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Dissociation of Antibacterial Activity and Aminoglycoside Ototoxicity in the 4-Monosubstituted 2-Deoxystreptamine Apramycin. 著者: Matt, T. / Ng, C.L. / Lang, K. / Sha, S.H. / Akbergenov, R. / Shcherbakov, D. / Meyer, M. / Duscha, S. / Xie, J. / Dubbaka, S.R. / Perez-Fernandez, D. / Vasella, A. / Ramakrishnan, V. / ...著者: Matt, T. / Ng, C.L. / Lang, K. / Sha, S.H. / Akbergenov, R. / Shcherbakov, D. / Meyer, M. / Duscha, S. / Xie, J. / Dubbaka, S.R. / Perez-Fernandez, D. / Vasella, A. / Ramakrishnan, V. / Schacht, J. / Bottger, E.C. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4aqy.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4aqy.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4aqy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aqy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 AWZ
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 155076 |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 1860.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) |
#23: RNA鎖 | 分子量: 4815.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) |
-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 13446664, UniProt: P80371*PLUS |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 13446666, UniProt: P80372*PLUS |
#4: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80373 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17452.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5*PLUS |
#6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS |
#7: タンパク質 | 分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P17291 |
#8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P24319, UniProt: P0DOY9*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 13446668, UniProt: P80374*PLUS |
#10: タンパク質 | 分子量: 11823.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80375, UniProt: Q5SHN7*PLUS |
#11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 4519421, UniProt: P80376*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P17293, UniProt: Q5SHN3*PLUS |
#13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 4519420, UniProt: P80377*PLUS |
#14: タンパク質 | 分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P24320, UniProt: P0DOY6*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS |
#16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80379, UniProt: Q5SJH3*PLUS |
#17: タンパク質 | 分子量: 12193.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P24321, UniProt: P0DOY7*PLUS |
#18: タンパク質 | 分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 6739549, UniProt: Q5SLQ0*PLUS |
#19: タンパク質 | 分子量: 10474.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS |
#20: タンパク質 | 分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 11125386, UniProt: P80380*PLUS |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P32193, UniProt: Q5SIH3*PLUS |
-非ポリマー , 5種, 226分子
#24: 化合物 | ChemComp-MG / #25: 化合物 | ChemComp-K / #26: 化合物 | ChemComp-AM2 / #27: 化合物 | #28: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.31 % 解説: 30S MODEL PDB CODE 1J5E WAS USED AS INITIAL MODEL SUBJECTED TO RIGID BODY REFINEMENT USING CNS. |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: MPD, NH4CL, KCL, CACL2, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 |
検出器 | 日付: 2009年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→40 Å / Num. obs: 178694 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1J5E 解像度: 3.5→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | Bsol: 72.0618 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→40 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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