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- PDB-4akv: Crystal structure of human sorting nexin 33 (SNX33) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4akv
タイトルCrystal structure of human sorting nexin 33 (SNX33)
要素SORTING NEXIN-33
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ORGANELLE BIOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane tubulation / 飲作用 / negative regulation of protein localization to cell surface / endosome organization / protein import / cleavage furrow formation / negative regulation of endocytosis / positive regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / endosomal transport ...plasma membrane tubulation / 飲作用 / negative regulation of protein localization to cell surface / endosome organization / protein import / cleavage furrow formation / negative regulation of endocytosis / positive regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / endosomal transport / extrinsic component of membrane / mitotic cytokinesis / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle membrane / エンドサイトーシス / cytoplasmic vesicle / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-33 / Sorting nexin-33, BAR domain / Sorting nexin 9 family / Sorting nexin protein, WASP-binding domain / WASP-binding domain of Sorting nexin protein / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. ...Sorting nexin-33 / Sorting nexin-33, BAR domain / Sorting nexin 9 family / Sorting nexin protein, WASP-binding domain / WASP-binding domain of Sorting nexin protein / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.651 Å
データ登録者Oberholzer, A. / Froese, D.S. / Krojer, T. / Shrestha, L. / Filippakopoulos, P. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...Oberholzer, A. / Froese, D.S. / Krojer, T. / Shrestha, L. / Filippakopoulos, P. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human Sorting Nexin 33
著者: Oberholzer, A. / Froese, D.S. / Krojer, T. / Shrestha, L. / Filippakopoulos, P. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W.W.
履歴
登録2012年2月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SORTING NEXIN-33
B: SORTING NEXIN-33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3268
ポリマ－90,7492
非ポリマー5766
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area32540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.650, 216.210, 58.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 SORTING NEXIN-33 / / SORTING NEXIN 33 / SH3 AND PX DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3


分子量: 45374.742 Da / 分子数: 2 / 断片: PH-BAR DOMAIN, RESIDUES 212-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q8WV41
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 73 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→216.14 Å / Num. obs: 25956 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 72.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.651→65.431 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 1318 5.1 %
Rwork0.2105 --
obs0.2134 25895 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.597 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.396 Å20 Å20 Å2
2--4.1052 Å20 Å2
3---6.2908 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.651→65.431 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5713 0 30 62 5805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025877
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6147902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.852215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031025
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6513-2.75740.4021250.34912632X-RAY DIFFRACTION98
2.7574-2.88290.40471550.3092662X-RAY DIFFRACTION100
2.8829-3.03490.37371460.292689X-RAY DIFFRACTION100
3.0349-3.22510.34261500.25892711X-RAY DIFFRACTION100
3.2251-3.47410.29081540.24692701X-RAY DIFFRACTION100
3.4741-3.82360.28391460.21532713X-RAY DIFFRACTION100
3.8236-4.37680.23241600.17942728X-RAY DIFFRACTION100
4.3768-5.51390.22681330.16842794X-RAY DIFFRACTION100
5.5139-65.45080.24251490.19922947X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8045-0.23651.78272.68141.38336.21230.1649-0.6459-0.21860.7593-0.09560.1323-0.515-1.076-0.06610.96380.02120.13980.67860.05810.6043-13.5948-41.6518-20.6322
24.34010.52011.16773.96530.23073.45670.2842-0.4393-0.89410.7613-0.0316-0.25250.718-0.0429-0.28680.76130.073-0.03160.49320.07310.6622-6.2917-48.6943-21.6383
32.00783.66692.41767.0174.32793.51480.0510.3092-0.28530.28030.4069-0.52450.39720.5586-0.4830.44940.09180.01010.5382-0.02440.52319.68-23.9135-25.7457
41.77332.17421.61346.1673.72772.913-0.011-0.04210.33820.3118-0.41891.10430.37910.02930.44140.47680.01810.0360.4760.0960.4697-3.2419-31.4744-32.2554
53.19030.12620.36933.12291.86097.0031-0.18320.26930.2792-0.4387-0.084-0.0928-0.97240.13650.27130.4622-0.0294-0.07750.48890.05260.472430.5127.033-26.1562
69.044-1.3539-4.79276.14043.59093.936-0.21040.05-0.08230.7321-0.172-0.0623-0.22371.30170.38451.048-0.1655-0.25450.92750.1790.69136.513133.1202-4.5215
72.94663.43882.1564.79832.70812.5858-0.14060.4378-0.1379-0.05040.3663-0.31150.07210.5171-0.23190.3670.03270.04270.55410.00410.523821.2203-1.6837-22.7471
81.80522.52171.70865.10732.32833.0047-0.23720.00410.45030.06750.02270.4076-0.33720.34010.23010.44350.01680.04330.6149-0.00770.449426.243614.1901-11.1737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 211:265)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 266:371)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 372:502)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 503:573)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 207:350)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 351:369)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 370:496)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 497:573)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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