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万見
- PDB-4a2i: Cryo-electron Microscopy Structure of the 30S Subunit in Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a2i
タイトルCryo-electron Microscopy Structure of the 30S Subunit in Complex with the YjeQ Biogenesis Factor
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • 16S RIBOSOMAL RNA16SリボソームRNA
  • PUTATIVE RIBOSOME BIOGENESIS GTPASE RSGA
キーワードRIBOSOME/HYDROLASE / RIBOSOME-HYDROLASE COMPLEX / RIBOSOME ASSEMBLY (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability ...mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily ...Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S10 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S17 ...: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å
データ登録者Jomaa, A. / Stewart, G. / Mears, J.A. / Kireeva, I. / Brown, E.D. / Ortega, J.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2011
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 30S subunit in complex with the YjeQ biogenesis factor.
著者: Ahmad Jomaa / Geordie Stewart / Jason A Mears / Inga Kireeva / Eric D Brown / Joaquin Ortega /
要旨: YjeQ is a protein broadly conserved in bacteria containing an N-terminal oligonucleotide/oligosaccharide fold (OB-fold) domain, a central GTPase domain, and a C-terminal zinc-finger domain. YjeQ ...YjeQ is a protein broadly conserved in bacteria containing an N-terminal oligonucleotide/oligosaccharide fold (OB-fold) domain, a central GTPase domain, and a C-terminal zinc-finger domain. YjeQ binds tightly and stoichiometrically to the 30S subunit, which stimulates its GTPase activity by 160-fold. Despite growing evidence for the involvement of the YjeQ protein in bacterial 30S subunit assembly, the specific function and mechanism of this protein remain unclear. Here, we report the costructure of YjeQ with the 30S subunit obtained by cryo-electron microscopy. The costructure revealed that YjeQ interacts simultaneously with helix 44, the head and the platform of the 30S subunit. This binding location of YjeQ in the 30S subunit suggests a chaperone role in processing of the 3' end of the rRNA as well as in mediating the correct orientation of the main domains of the 30S subunit. In addition, the YjeQ binding site partially overlaps with the interaction site of initiation factors 2 and 3, and upon binding, YjeQ covers three inter-subunit bridges that are important for the association of the 30S and 50S subunits. Hence, our structure suggests that YjeQ may assist in ribosome maturation by preventing premature formation of the translation initiation complex and association with the 50S subunit. Together, these results support a role for YjeQ in the late stages of 30S maturation.
履歴
登録2011年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Derived calculations
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: em_3d_fitting / em_software ...em_3d_fitting / em_software / entity / entity_src_nat / struct_conn
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _entity.src_method / _entity_src_nat.common_name
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "VA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "VA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1895
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S RIBOSOMAL RNA
B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
C: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
D: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
E: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
G: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
I: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
J: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
K: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
L: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
M: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
N: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
O: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
P: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
Q: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
R: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
S: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
T: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
U: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21
V: PUTATIVE RIBOSOME BIOGENESIS GTPASE RSGA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)791,44822
ポリマ－791,44822
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2 /


分子量: 24253.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3 /


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4 /


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5 /


分子量: 15804.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 /


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7 /


分子量: 16764.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8 /


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9 /


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 /


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 /


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 /


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13 /


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 /


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02370, UniProt: P0AG59*PLUS
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 /


分子量: 10188.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02371, UniProt: P0ADZ4*PLUS
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 /


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17 /


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02373, UniProt: P0AG63*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18 /


分子量: 6466.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19 /


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20 /


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21 /


分子量: 6067.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AV

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 495927.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: GenBank: 33357879
#22: タンパク質 PUTATIVE RIBOSOME BIOGENESIS GTPASE RSGA / YJEQ


分子量: 30816.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q8ZKB0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ESCHERICHIA COLI 30S RIBOSOMAL SUBUNIT WITH YJEQ PROTEIN BOUND IN THE PRESENCE OF GMP-PNP
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 10 MM TRIS-HCL PH 7.5, 10 MM MAGNESIUM ACETATE, 60 MM NH4CL, 3 MM 2- MERCAPTOETHANOL AND 2 MM GMP-PNP
pH: 7.5
詳細: 10 MM TRIS-HCL PH 7.5, 10 MM MAGNESIUM ACETATE, 60 MM NH4CL, 3 MM 2- MERCAPTOETHANOL AND 2 MM GMP-PNP
試料濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: FORMVAR PLUS CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 詳細: BLOT FOR 7 SECONDS IN FEI VITROBOT III

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 2010F / 日付: 2010年5月12日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 650 nm / Cs: 1 mm
試料ホルダ温度: 100 K / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 150
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2Xmipp３次元再構成
CTF補正詳細: EACH MICROGRAPH
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 16.5 Å / 粒子像の数: 16228 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.54 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.54 Å
詳細: THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED BY MANUAL DOCKING OF THE STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI 30S RIBOSOMAL SUBUNIT (2AVY) AND SALMONELLA TYPHYMURIUM (2RCN) INTO THE DENSITY MAP OF ...詳細: THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED BY MANUAL DOCKING OF THE STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI 30S RIBOSOMAL SUBUNIT (2AVY) AND SALMONELLA TYPHYMURIUM (2RCN) INTO THE DENSITY MAP OF THE ESCHERICHIA COLI 30S_YJEQ COMPLEX GENERATED BY CRYO-ELECTRON MICROSCOPY. THE YEJQ PROTEIN WAS FITTED AS THREE SEPARATE DOMAINS: THE OB-FOLD, THE GTPASE DOMAIN, AND THE ZINC-FINGER DOMAIN. THE PROTEIN DATA BANK CONVENTIONS REQUIRE TO ENTER INFORMATION ABOUT THE UNIT CELL, CRYSTAL DATA AND COORDINATE SYSTEM. THESE INFORMATION IS MEANINGLESS IN THIS ENTRY. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1895.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--MANUAL REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
12AVY

2avy
PDB 未公開エントリ

1
22RCN

2rcn

1
精密化最高解像度: 16.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 16.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20702 32831 0 0 53533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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