PDB-3zss: Apo form of GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zss

タイトル

Apo form of GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor

要素

PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / ALPHA-GLUCAN BIOSYNTHESIS / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 13_3

機能・相同性

機能・相同性情報

starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / oligosaccharide catabolic process /

hexosyltransferase activity /

alpha-amylase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Rejzek, M. / Fairhurst, S.A. / Nair, A. / Bruton, C.J. / Field, R.A. / Chater, K.F. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of a Streptomyces Maltosyltransferase Glge: A Homologue of a Genetically Validated Anti-Tuberculosis Target.
著者: Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Rejzek, M. / Fairhurst, S.A. / Nair, A. / Bruton, C.J. / Field, R.A. / Chater, K.F. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.

履歴

登録	2011年6月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2011年11月9日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zss.cif.gz	970.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zss.ent.gz	810.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zss.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/3zss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/3zss	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zstSC 3zt5C 3zt6C 3zt7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zt7-1 4cn6-d 4u2y-d 5lgv-d 4u2z-d 5vt4-1 4cn4-d 5vsj-d 3zst-2 3zt7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

B: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

C: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

D: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

310 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

B: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

D: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	113.090, 112.980, 314.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 15 - 663 / Label seq-ID: 35 - 683

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A / GLGE ISOFORM 1 / PEP1A / SCO5443 / 1-4-ALPHA-D- 分子量: 77564.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア) 株: M145 / プラスミド: PET15B-GLGE1-M145 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: Q9L1K2, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	INCLUDES AN ADDITIONAL 20 RESIDUES AT THE N-TERMINUS FOR NICKEL AFFINITY PURIFICATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: DATA WERE HEMIHEDRALLY TWINNED
結晶化	pH: 7 / 詳細: pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9709

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9709 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H,K,L	1	0.528
1	1	K,H,-L	2	0.472

反射

解像度: 1.8→53.15 Å / Num. obs: 351739 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 72.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0101	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZST

3zst

解像度: 1.8→314.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 4.559 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24885	17659	5 %	RANDOM
R_work	0.23137	-	-	-
obs	0.23224	333972	94.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	20.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→314.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20405	0	0	540	20945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	21012
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	14223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.339	1.944	28758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.202	3	34308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.912	5	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.491	22.468	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.474	15	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.918	15	211
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	3130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	23745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	25172	0.03
1	2	B	25172	0.03
2	1	A	25141	0.04
2	2	C	25141	0.04
3	1	A	25080	0.04
3	2	D	25080	0.04
4	1	B	25143	0.03
4	2	C	25143	0.03
5	1	B	25069	0.03
5	2	D	25069	0.03
6	1	C	25029	0.04
6	2	D	25029	0.04

LS精密化シェル

解像度: 1.798→1.845 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.499	941	-
R_work	0.445	16806	-
obs	-	-	65.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4805	0.0606	-0.0664	0.772	0.2771	1.8151	0.0203	0.0184	0.0257	-0.0047	-0.0054	0.0281	-0.0859	-0.0032	-0.015	0.009	0.0081	-0.0005	0.1191	-0.001	0.0304	-3.8329	-11.3856	41.4337
2	1.483	-0.3229	-0.5936	1.1178	0.6872	1.9972	0.0041	0.0564	0.0549	-0.0431	-0.0127	0.0764	-0.0312	-0.0632	0.0087	0.0976	-0.0059	0.0013	0.0989	0.006	0.1074	-19.1582	0.1192	62.7291
3	0.39	0.4237	-0.7579	0.8789	0.3973	5.8214	0.002	0.0106	-0.051	-0.0503	0.0566	-0.1005	-0.2884	0.2786	-0.0586	0.0338	-0.0063	0.0138	0.134	0.0049	0.0152	1.022	-8.9083	38.387
4	0.6763	-0.0363	-0.0192	0.2237	-0.0278	0.495	-0.0012	0.0311	-0.0125	-0.0395	0.0004	-0.019	0.0143	-0.0039	0.0007	0.0085	0.0014	-0.0012	0.1477	-0.0008	0.0193	-2.5448	-24.0857	6.0001
5	0.7666	0.2794	0.1743	0.8463	-0.2563	0.8258	-0.0063	-0.0642	0.0274	0.1948	-0.0038	0.2379	-0.0039	-0.0676	0.0101	0.1028	0.002	0.0296	0.1697	0.0044	0.1342	-29.8905	-27.2925	24.7818
6	0.7032	-0.1175	0.4	0.722	0.0031	1.861	-0.0026	0.0244	-0.0131	0.0341	0.0202	-0.0126	0.0492	0.0387	-0.0176	0.0031	0.0007	0.0007	0.1394	-0.0051	0.0196	16.9699	-31.9144	37.0987
7	0.5405	-0.6303	0.1339	1.6312	-0.0216	0.4222	0.0345	0.0331	-0.1027	0.1376	-0.0033	-0.0021	0.1493	-0.0711	-0.0312	0.147	-0.0231	0.018	0.1567	-0.0223	0.1182	28.4938	-47.0719	15.9236
8	0.4863	-0.7645	-0.5773	1.506	1.786	5.3484	0.0479	0.0221	0.0827	-0.1258	0.096	-0.0871	-0.5277	0.0872	-0.1439	0.0633	-0.001	0.0304	0.2339	0.0036	0.0445	19.3749	-27.0758	40.1798
9	0.15	-0.0118	0.0466	0.8092	-0.0367	0.2896	0.0076	-0.0015	0.0163	0.085	0.0132	0.0358	-0.0063	0.0171	-0.0208	0.0519	0.001	-0.0059	0.1234	-0.0033	0.0086	4.2825	-30.8053	72.5418
10	0.1024	0.1768	-0.0059	0.732	0.0744	0.1865	-0.027	0.0264	-0.1155	-0.1584	0.0026	-0.0505	0.1582	-0.033	0.0243	0.2288	-0.004	-0.0186	0.1687	-0.0127	0.189	1.1576	-58.0185	53.8444
11	0.7394	-0.0781	-0.3036	0.6791	0.1289	1.5794	0.0042	0.0357	0.0485	-0.0107	0.0257	0.0162	-0.1234	0.0055	-0.0299	0.0378	0.0092	-0.0036	0.1055	-0.01	0.0217	50.6053	-71.7764	43.1727
12	1.0163	-0.3092	-0.126	0.7127	0.3963	1.1344	-0.0882	0.0083	-0.0026	-0.0245	-0.0225	0.0856	-0.051	-0.0017	0.1108	0.119	-0.0003	0.0049	0.0945	-0.0141	0.086	37.3231	-61.8958	66.4695
13	0.4193	0.3866	-0.1477	0.6063	-0.7471	4.4454	0.0571	0.0461	-0.0306	0.0135	0.1124	-0.0631	-0.141	0.0212	-0.1695	0.0559	0.0153	0.0174	0.147	-0.021	0.0365	55.3561	-69.2548	40.0346
14	0.6234	-0.0745	-0.024	0.3667	-0.0386	0.3856	-0.0083	0.0281	-0.013	-0.0475	0.0001	-0.0148	-0.0076	-0.0237	0.0082	0.0174	-0.0004	-0.0001	0.1416	-0.0058	0.0131	49.4734	-80.929	6.5272
15	0.3124	0.3246	0.0988	0.9558	-0.2537	0.5514	-0.0411	-0.0212	0.0191	0.0904	0.0395	0.201	0.0191	-0.0608	0.0016	0.1137	0.0178	0.0193	0.168	-0.0064	0.1495	22.9866	-85.1195	25.8733
16	0.7519	-0.2853	0.2017	0.4501	-0.2058	1.2002	-0.027	0.0246	-0.0378	0.0201	-0.017	0.0056	0.0382	0.0511	0.044	0.052	0.0013	0.0108	0.1284	-0.0099	0.0294	70.1034	-92.8332	35.5804
17	0.3271	0.0617	0.1057	1.3064	0.1651	0.0996	0.061	0.0434	-0.105	0.0221	-0.0351	-0.024	0.0959	0.0477	-0.0259	0.155	0.0127	0.019	0.1742	-0.0234	0.1148	80.2083	-106.4202	12.5147
18	0.3541	0.0121	-0.1616	0.364	-1.7924	9.1086	0.1525	-0.0276	0.0861	-0.0038	0.0459	0.0417	-0.0371	0.0362	-0.1984	0.0664	-0.0212	0.0267	0.216	0.0157	0.0387	72.9064	-88.3421	38.9054
19	0.2828	-0.0088	0.0519	0.6599	-0.14	0.4257	0.001	0.0046	-0.0177	0.055	-0.0083	0.0393	0.0404	0.0168	0.0073	0.0585	0.0086	0.0096	0.1046	-0.0126	0.0179	60.2514	-94.1175	71.9338
20	0.0874	0.1457	0.0976	0.3728	0.2254	0.1521	-0.0185	0.0063	-0.0658	-0.0803	0.0114	0.041	0.0123	0.0022	0.0071	0.2776	0.0016	-0.0093	0.1571	-0.0062	0.2291	54.5657	-119.6083	51.4609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	109 - 192
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	193 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	206 - 573
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	574 - 663
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	15 - 108
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	109 - 192
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	193 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	206 - 573
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	574 - 663
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	15 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	109 - 192
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	193 - 205
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	206 - 573
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	574 - 663
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	15 - 108
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	109 - 192
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	193 - 205
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	206 - 573
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	574 - 663

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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