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- PDB-3zp9: Human Carbonic Anhydrase II as a Scaffold for an Artificial Trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zp9
タイトルHuman Carbonic Anhydrase II as a Scaffold for an Artificial Transfer Hydrogenase
要素CARBONIC ANHYDRASE 2炭酸脱水酵素
キーワードLYASE (リアーゼ) / ARTIFICIAL METALLOENZYME / INHIBITOR (酵素阻害剤) / IRIDIUM PENTAMETHYLCYCLOPENTADIENYL / PIANO STOOL COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
炭酸脱水酵素 / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...炭酸脱水酵素 / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9TH / MERCURIBENZOIC ACID / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Heinisch, T. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Chem.Sci. / 年: 2013
タイトル: Human Carbonic Anhydrase II as Host Protein for the Creation of Artificial Metalloenzymes: The Asymmetric Transfer Hydrogenation of Imines
著者: Monnard, F.W. / Nogueira, E.S. / Heinisch, T. / Schirmer, T. / Ward, T.R.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Experimental preparation ...Data collection / Experimental preparation / Other / Structure summary
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct.title
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONIC ANHYDRASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6266
ポリマ－29,2891
非ポリマー1,3375
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.500, 41.620, 72.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CARBONIC ANHYDRASE 2 / 炭酸脱水酵素 / CARBONATE DEHYDRATASE II / CARBONIC ANHYDRASE C / CAC / CARBONIC ANHYDRASE II / CA-II


分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素

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非ポリマー , 5種, 172分子

#2: 化合物 ChemComp-9TH / pentamethylcyclopentadienyl iridium [N-benzensulfonamide-(2-pyridylmethyl-4-benzensulfonamide)amin] chloride


分子量: 765.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31ClIrN3O4S2
#3: 化合物 ChemComp-MBO / MERCURIBENZOIC ACID / p-メルクリオ(I)安息香酸


分子量: 321.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5HgO2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 2.1 M AMSO4, 50 MM TRIS-SO4, 0.2 MM 4-CHLOROMERCURIBENZOIC ACID, 4 MG/ML PROTEIN, PH 7.9, 293 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→40.01 Å / Num. obs: 49267 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(I): 1.25 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 13.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.31→1.38 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / % possible all: 43.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PYK

3pyk


解像度: 1.31→40.011 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1932 2019 4.1 %
Rwork0.1683 --
obs0.1693 49213 82.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.91 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2071 Å20 Å20.9784 Å2
2--2.1497 Å20 Å2
3----1.9426 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→40.011 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2059 0 62 167 2288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0182214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.792978
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.357788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.31-1.34280.3318590.30351443X-RAY DIFFRACTION36
1.3428-1.37910.2982710.29791941X-RAY DIFFRACTION48
1.3791-1.41970.35811090.31732435X-RAY DIFFRACTION61
1.4197-1.46550.30191440.26173404X-RAY DIFFRACTION84
1.4655-1.51790.27631670.23823627X-RAY DIFFRACTION90
1.5179-1.57870.22431570.19233694X-RAY DIFFRACTION91
1.5787-1.65050.23641610.18023734X-RAY DIFFRACTION92
1.6505-1.73750.2191640.16123787X-RAY DIFFRACTION94
1.7375-1.84640.18251530.14883812X-RAY DIFFRACTION94
1.8464-1.9890.18721610.14873725X-RAY DIFFRACTION91
1.989-2.18910.18341750.14323844X-RAY DIFFRACTION94
2.1891-2.50580.18891600.15383802X-RAY DIFFRACTION93
2.5058-3.15690.16681680.15073921X-RAY DIFFRACTION96
3.1569-40.030.16691700.16394025X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.9742 Å / Origin y: -2.2676 Å / Origin z: 15.9867 Å
111213212223313233
T0.0757 Å2-0.0056 Å2-0.0005 Å2-0.0756 Å20.0031 Å2--0.0811 Å2
L0.8841 °2-0.1482 °2-0.093 °2-0.7696 °2-0.0154 °2--0.8618 °2
S0.001 Å °-0.0026 Å °0.0447 Å °-0.0356 Å °0.0197 Å °-0.0181 Å °-0.0153 Å °0.0152 Å °-0.0145 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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