PDB-3wib: Crystal structure of Y109W Mutant Haloalkane Dehalogenase DatA fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wib

タイトル

Crystal structure of Y109W Mutant Haloalkane Dehalogenase DatA from Agrobacterium tumefaciens C58

要素

Haloalkane dehalogenase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

haloalkane dehalogenase / hydrolase fold family

機能・相同性

機能・相同性情報

haloalkane dehalogenase /

haloalkane dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Guan, L.J. / Yabuki, H. / Okai, M. / Ohtsuka, J. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the novel haloalkane dehalogenase DatA from Agrobacterium tumefaciens C58 reveals a special halide-stabilizing pair and enantioselectivity mechanism.
著者: Guan, L. / Yabuki, H. / Okai, M. / Ohtsuka, J. / Tanokura, M.

履歴

登録	2013年9月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wib.cif.gz	127.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wib.ent.gz	101.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wib.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wib	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wi7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ruh-d 3wi7-1 5y2y-1 4dnp-d 4ch8-1 7at0-1 1bn6-d 6uh9-2 5z9g-d 4kac-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Haloalkane dehalogenase

B: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.620, 123.620, 88.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	89
Space group name H-M	P422

#1: タンパク質	Haloalkane dehalogenase / 分子量: 34453.949 Da / 分子数: 2 / 変異: Y115W / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: dhaA, dha, Atu6064, AGR_pTi_130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q8U671, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer) 分子量: 207.290 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M N-cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid (CHES), 1.0M potassium sodium tartrate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M manganese chloride, 1mM DTT, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 50218

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→19.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 3.511 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23531	2552	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19371	-	-	-
obs	0.19578	47662	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.881 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4655	0	39	179	4873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	4848
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.786	1.951	6618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.876	3	10467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.305	5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.014	23.112	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.96	15	731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.739	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	716
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	5516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.386	2.471	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.385	2.47	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.149	3.69	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.149	3.691	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.824	2.69	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.823	2.69	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.211	3.952	3717
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.337	19.935	5588
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.321	19.899	5529
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	204	-
R_work	0.242	3449	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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