手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20mg/ml protein in 25 mM HEPES pH 7.0, 0.5 mM TCEP, 0.05 M NaCl, 40 mM glucose, 1 mM of activator, Crystallization drops in a 1:1 ratio were set up over wells containing 0.1 M Tris HCl, pH 7. ...詳細: 20mg/ml protein in 25 mM HEPES pH 7.0, 0.5 mM TCEP, 0.05 M NaCl, 40 mM glucose, 1 mM of activator, Crystallization drops in a 1:1 ratio were set up over wells containing 0.1 M Tris HCl, pH 7.0, 80-200 mM glucose, and 19-26% PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
-
データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器
タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.68→86 Å / Num. obs: 41536 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 23.53 Å2
-
解析
ソフトウェア
名称: BUSTER / バージョン: 2.9.3 / 分類: 精密化
精密化
構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.86→52.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9304 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2047
1924
4.98 %
RANDOM
Rwork
0.1758
-
-
-
obs
0.1773
38646
95.26 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 29.99 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-3.1922 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-1.1637 Å2
0 Å2
3-
-
-
4.3559 Å2
Refine analyze
Luzzati coordinate error obs: 0.214 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 1.86→52.81 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
3535
0
41
246
3822
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
Restraint function
Weight
X-RAY DIFFRACTION
t_bond_d
0.01
3705
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_angle_deg
1.03
5010
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_dihedral_angle_d
1377
SINUSOIDAL
2
X-RAY DIFFRACTION
t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION
t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_trig_c_planes
103
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_gen_planes
567
HARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_it
3705
HARMONIC
20
X-RAY DIFFRACTION
t_nbd
2
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_omega_torsion
3.05
X-RAY DIFFRACTION
t_other_torsion
17.18
X-RAY DIFFRACTION
t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_chiral_improper_torsion
465
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_ideal_dist_contact
4411
SEMIHARMONIC
4
LS精密化 シェル
解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2496
73
4.61 %
Rwork
0.2086
1512
-
all
0.2106
1585
-
obs
-
-
95.26 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: -27.5676 Å / Origin y: -0.6975 Å / Origin z: 9.4241 Å