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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v0h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ciona intestinalis voltage sensor-containing phosphatase (Ci-VSP), residues 241-576(C363S), complexed with D-MYO-inositol-1,4,5-triphosphate | ||||||
要素 | Voltage-sensor containing phosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / PTP / C2 / Phosphatase (ホスファターゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ciona intestinalis (ゆうれいぼや) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, L. / Kohout, S.C. / Xu, Q. / Muller, S. / Kimberlin, C. / Isacoff, E.Y. / Minor, D.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012 タイトル: A glutamate switch controls voltage-sensitive phosphatase function. 著者: Liu, L. / Kohout, S.C. / Xu, Q. / Muller, S. / Kimberlin, C.R. / Isacoff, E.Y. / Minor, D.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3v0h.cif.gz | 305.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3v0h.ent.gz | 249.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3v0h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38827.984 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 241-576 / 変異: C363S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ciona intestinalis (ゆうれいぼや) 遺伝子: Ci-VSP / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q4W8A1 #2: 化合物 | ChemComp-I3P / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 17.5-22.5% PEG 2000, 0.1 M ammonium dihydrophosphate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0; complex was made by soaking method, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月28日 / 詳細: Double Crystal Si(111) |
放射 | モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1158 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→89 Å / Num. all: 59900 / Num. obs: 59840 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB: 3V0D 解像度: 1.85→87.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.903 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.942 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→87.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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