[日本語] English
万見
- PDB-3usf: Crystal structure of DAVA-4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3usf
タイトルCrystal structure of DAVA-4
要素Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutaseグルタミン酸-1-セミアルデヒド-2,1-アミノムターゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / shuttle movement of non-cofactor bound intermediates
機能・相同性
機能・相同性情報


グルタミン酸-1-セミアルデヒド-2,1-アミノムターゼ / glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase activity / chlorophyll biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tetrapyrrole biosynthesis, glutamate-1-semialdehyde aminotransferase / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Tetrapyrrole biosynthesis, glutamate-1-semialdehyde aminotransferase / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(4S)-4,5-DIAMINOPENTANOIC ACID / Chem-PLR / グルタミン酸-1-セミアルデヒド-2,1-アミノムターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.463 Å
データ登録者Stetefeld, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of DAVA-4
著者: Stetefeld, J.
履歴
登録2011年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase
B: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7755
ポリマ－91,1762
非ポリマー5983
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area26660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.582, 108.781, 124.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase / グルタミン酸-1-セミアルデヒド-2,1-アミノムターゼ / GSA / Glutamate-1-semialdehyde aminotransferase / GSA-AT


分子量: 45588.023 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-433 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 7942 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q31QJ2, グルタミン酸-1-セミアルデヒド-2,1-アミノムターゼ
#2: 化合物 ChemComp-PLR / (5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 4'-DEOXYPYRIDOXINE PHOSPHATE / 5-(ホスホノオキシメチル)-2,4-ジメチル-3-ピリジノ-ル


分子量: 233.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12NO5P
#3: 化合物 ChemComp-HOZ / (4S)-4,5-DIAMINOPENTANOIC ACID


分子量: 132.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9874 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9874 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 31835 / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.463→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 3159974 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 3125 10 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs-31267 93.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.4315 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 76.98 Å2 / Biso mean: 28.4893 Å2 / Biso min: 5.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.27 Å20 Å20 Å2
2---6.17 Å20 Å2
3----1.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.463→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6234 0 39 327 6600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.463→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 243 10.6 %
Rwork0.239 2048 -
all-2291 -
obs--38.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6plp.parplp.top
X-RAY DIFFRACTION7dav.pardav.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る