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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uja | ||||||
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タイトル | Phosphoethanolamine methyltransferase from Plasmodium falciparum in complex with phosphoethanolamine | ||||||
要素 | Phosphoethanolamine N-methyltransferaseホスホエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Plasmodium (マラリア原虫) / parasite (寄生) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphomethylethanolamine N-methyltransferase activity / phosphoethanolamine N-methyltransferase activity / ホスホエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ / phosphatidylcholine biosynthetic process / メチル化 / ゴルジ体 / ゴルジ体 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.466 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, S.G. / Kim, Y. / Alpert, T.D. / Nagata, A. / Jez, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structure and reaction mechanism of phosphoethanolamine methyltransferase from the malaria parasite Plasmodium falciparum: an antiparasitic drug target. 著者: Lee, S.G. / Kim, Y. / Alpert, T.D. / Nagata, A. / Jez, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3uja.cif.gz | 124.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3uja.ent.gz | 97.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3uja.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/3uja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/3uja | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31084.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: PMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6T755 |
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#2: 化合物 | ChemComp-OPE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG-8000, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2 M sodium acetate, 5 mM 2-mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月21日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.466→32.5 Å / Num. obs: 48655 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 31.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.406 / % possible all: 94.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.466→32.495 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.397 Å2 / ksol: 0.407 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.466→32.495 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 19.439 Å / Origin y: 19.4233 Å / Origin z: 19.9745 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |