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- PDB-3uhj: Crystal structure of a probable glycerol dehydrogenase from Sinor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uhj
タイトルCrystal structure of a probable glycerol dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021
要素Probable glycerol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


グリセロールデヒドロゲナーゼ / glycerol dehydrogenase [NAD+] activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
グリセロールデヒドロゲナーゼ / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / ロスマンフォールド ...グリセロールデヒドロゲナーゼ / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SELENIUM ATOM / Probable glycerol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Agarwal, R. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Agarwal, R. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a probable glycerol dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Agarwal, R. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2011年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable glycerol dehydrogenase
B: Probable glycerol dehydrogenase
C: Probable glycerol dehydrogenase
D: Probable glycerol dehydrogenase
E: Probable glycerol dehydrogenase
F: Probable glycerol dehydrogenase
G: Probable glycerol dehydrogenase
H: Probable glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,77424
ポリマ－332,5408
非ポリマー1,23416
水9,674537
1
A: Probable glycerol dehydrogenase
B: Probable glycerol dehydrogenase
C: Probable glycerol dehydrogenase
D: Probable glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,90012
ポリマ－166,2704
非ポリマー6308
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Probable glycerol dehydrogenase
H: Probable glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子

F: Probable glycerol dehydrogenase
G: Probable glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,87412
ポリマ－166,2704
非ポリマー6048
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
3
A: Probable glycerol dehydrogenase
B: Probable glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4506
ポリマ－83,1352
非ポリマー3154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
4
C: Probable glycerol dehydrogenase
D: Probable glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4506
ポリマ－83,1352
非ポリマー3154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area24340 Å2
手法PISA
5
E: Probable glycerol dehydrogenase
H: Probable glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5167
ポリマ－83,1352
非ポリマー3815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area24530 Å2
手法PISA
6
F: Probable glycerol dehydrogenase
G: Probable glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3585
ポリマ－83,1352
非ポリマー2233
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area24320 Å2
手法PISA
7
E: Probable glycerol dehydrogenase
H: Probable glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子

F: Probable glycerol dehydrogenase
G: Probable glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Probable glycerol dehydrogenase
B: Probable glycerol dehydrogenase
C: Probable glycerol dehydrogenase
D: Probable glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,77424
ポリマ－332,5408
非ポリマー1,23416
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23410 Å2
ΔGint-404 kcal/mol
Surface area88280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.483, 98.996, 104.734
Angle α, β, γ (deg.)76.94, 83.38, 71.47
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Probable glycerol dehydrogenase


分子量: 41567.523 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: gldA, R02550, SMc02038 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL
参照: UniProt: Q92MR2, グリセロールデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SE / SELENIUM ATOM / セレン化水素 / セレン化水素


分子量: 78.960 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Se
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M NACL, 0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, 0.2M NDSB 221, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. all: 121795 / Num. obs: 121795 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.34→2.42 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 11833 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KQ3

1kq3


解像度: 2.34→45.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 8.435 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26358 6116 5 %RANDOM
Rwork0.19654 ---
obs0.1999 115674 98.17 %-
all-121795 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.639 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20.01 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→45.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20737 0 46 537 21320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02221092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8211.96728667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.94752822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.13122.877810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.29153243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.34115181
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.23447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02115821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8121.514055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.519222349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.98537037
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6974.56318
LS精密化 シェル解像度: 2.341→2.402 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 402 -
Rwork0.262 8092 -
obs--93.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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