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- PDB-3t5q: 3A structure of Lassa virus nucleoprotein in complex with ssRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t5q
タイトル3A structure of Lassa virus nucleoprotein in complex with ssRNA
要素
  • Nucleoprotein核タンパク質
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*CP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*UP*CP*UP*CP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*UP*CP*UP*CP*C)-3')
キーワードviral protein/RNA (ウイルス性) / ssRNA (リボ核酸) / single stranded RNA / viral protein-RNA complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arenavirus nucleocapsid protein, head domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1200 / Nucleocapsid protein, arenaviridae / Nucleocapsid, N-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal superfamily / Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain / Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular ...Arenavirus nucleocapsid protein, head domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1200 / Nucleocapsid protein, arenaviridae / Nucleocapsid, N-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal superfamily / Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain / Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / DNA polymerase; domain 1 / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / リボ核酸 / 核タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Mopeia Lassa reassortant 29 (ウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hastie, K.M. / Liu, T. / King, L.B. / Ngo, N. / Zandonatti, M.A. / Woods, V.L. / de la Torre, J.C. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the Lassa virus nucleoprotein-RNA complex reveals a gating mechanism for RNA binding.
著者: Hastie, K.M. / Liu, T. / Li, S. / King, L.B. / Ngo, N. / Zandonatti, M.A. / Woods, V.L. / de la Torre, J.C. / Saphire, E.O.
履歴
登録2011年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*UP*CP*UP*CP*A)-3')
B: Nucleoprotein
D: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*CP*A)-3')
E: Nucleoprotein
F: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*UP*CP*UP*CP*A)-3')
G: Nucleoprotein
H: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*C)-3')
I: Nucleoprotein
J: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*UP*CP*UP*CP*C)-3')
K: Nucleoprotein
L: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,37813
ポリマ－248,28312
非ポリマー951
水1629
1
A: Nucleoprotein
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*UP*CP*UP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7423
ポリマ－41,6472
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
2
B: Nucleoprotein
D: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3412
ポリマ－41,3412
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14600 Å2
手法PISA
3
E: Nucleoprotein
F: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*UP*CP*UP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6472
ポリマ－41,6472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
4
G: Nucleoprotein
H: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0122
ポリマ－41,0122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15010 Å2
手法PISA
5
I: Nucleoprotein
J: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*UP*CP*UP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6232
ポリマ－41,6232
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14720 Å2
手法PISA
6
K: Nucleoprotein
L: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0122
ポリマ－41,0122
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.441, 127.441, 298.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 9:57 or resseq 59:64 or resseq...
211chain B and (resseq 9:57 or resseq 59:64 or resseq...
311chain E and (resseq 9:57 or resseq 59:64 or resseq...
411chain G and (resseq 9:57 or resseq 59:64 or resseq...
511chain I and (resseq 9:57 or resseq 59:64 or resseq...
611chain K and (resseq 9:57 or resseq 59:64 or resseq...

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABEGIK

#1: タンパク質
Nucleoprotein / 核タンパク質 / Nucleocapsid protein


分子量: 39198.848 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mopeia Lassa reassortant 29 (ウイルス)
遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S585

-
RNA鎖 , 4種, 6分子 CFDHLJ

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*UP*CP*UP*CP*A)-3')


分子量: 2448.481 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ssRNA / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*CP*A)-3')


分子量: 2142.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ssRNA / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*C)-3')


分子量: 1813.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ssRNA / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*UP*CP*UP*CP*C)-3')


分子量: 2424.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ssRNA / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 10分子

#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE SSRNA OBSERVED IN THE STRUCTURE WAS DERIVED FROM THE E.COLI HOST (RATHER THAN OF SYNTHETIC ...THE SSRNA OBSERVED IN THE STRUCTURE WAS DERIVED FROM THE E.COLI HOST (RATHER THAN OF SYNTHETIC ORIGIN) AND IS THEREFORE OF RANDOM SEQUENCE. THE AUTHORS ARBITRARILY CHOSE U AND C TO MODEL THE RNA, UNLESS IT WAS CLEAR THE NUCLEOBASE WAS A PURINE, IN WHICH CASE THE RESIDUE WAS MODELED AS AN ADENOSINE. FOR CHAINS C, F AND J, EIGHT BASES WERE APPARENT (RESIDUES 1-8), ALTHOUGH DENSITY FOR POSITION 8 IN CHAIN J WAS NOT CLEAR ENOUGH TO MODEL AS AN ADENOSINE, AND WAS THUS INSTEAD MODELED AS CYTIDINE. SEVEN BASES (2-8) WERE VISIBLE IN CHAIN D, WHILE ONLY SIX BASES (2-7) WERE VISIBLE IN CHAINS H AND L.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.4
詳細: 0.1M Tris, pH 8.4, 0.2M Na/K phosphate, and 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月21日
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal; asymetric cut 12.2 degs.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48 Å / Num. obs: 54709 / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→39.769 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 2769 5.07 %
Rwork0.2258 --
obs0.2275 54599 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.204 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8903 Å2-0 Å20 Å2
2---0.8903 Å2-0 Å2
3---1.7807 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.769 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13792 878 5 9 14684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01114917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17420340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0035680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042445
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2112X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2112X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
13E2088X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.082
14G2058X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
15I2064X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
16K2047X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.10720.34982780.30825230X-RAY DIFFRACTION100
3.1072-3.23150.35482650.30045157X-RAY DIFFRACTION100
3.2315-3.37850.3432890.2935158X-RAY DIFFRACTION100
3.3785-3.55660.31852710.26535190X-RAY DIFFRACTION100
3.5566-3.77920.29242650.25685196X-RAY DIFFRACTION100
3.7792-4.07080.28922770.24395171X-RAY DIFFRACTION100
4.0708-4.47990.25992870.22095162X-RAY DIFFRACTION100
4.4799-5.1270.22862780.19645206X-RAY DIFFRACTION100
5.127-6.4550.23872820.21365175X-RAY DIFFRACTION100
6.455-39.77240.20092770.18875185X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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