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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3syr | |||||||||
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タイトル | Glycogen phosphorylase b in complex with beta-D-glucopyranonucleoside 5-fluorouracil | |||||||||
要素 | Glycogen phosphorylase, muscle formグリコーゲンホスホリラーゼ | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / alpha and beta protein (a/b) / TRANSFERASE (転移酵素) / muscle (骨格筋) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Skamnaki, V.T. / Kantsadi, A.L. / Kontou, M. / Leonidas, D.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2012 タイトル: 3'-Axial CH(2) OH Substitution on Glucopyranose does not Increase Glycogen Phosphorylase Inhibitory Potency. QM/MM-PBSA Calculations Suggest Why. 著者: Manta, S. / Xipnitou, A. / Kiritsis, C. / Kantsadi, A.L. / Hayes, J.M. / Skamnaki, V.T. / Lamprakis, C. / Kontou, M. / Zoumpoulakis, P. / Zographos, S.E. / Leonidas, D.D. / Komiotis, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3syr.cif.gz | 173 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3syr.ent.gz | 139.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3syr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3syr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3syr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97519.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 参照: UniProt: P00489, グリコーゲンホスホリラーゼ |
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#2: 糖 | ChemComp-GPK / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: small tubes / pH: 6.7 詳細: 2mM INHIBITOR SOAKED WITH T-STATE NATIVE ENZYME CRYSTAL FOR 2 HRS, pH 6.7, SMALL TUBES, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月2日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 36858 / Num. obs: 34960 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 89.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→13.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 6.749 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.248 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→13.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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