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- PDB-3su8: Crystal structure of a truncated intracellular domain of Plexin-B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3su8
タイトルCrystal structure of a truncated intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1
要素
  • Plexin-B1
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
キーワードAPOPTOSIS/SIGNALING PROTEIN / Axon guidance (軸索誘導) / signal transduction (シグナル伝達) / APOPTOSIS-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


semaphorin receptor binding / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of osteoblast proliferation / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis ...semaphorin receptor binding / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of osteoblast proliferation / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / engulfment of apoptotic cell / Inactivation of CDC42 and RAC1 / inhibitory synapse assembly / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / semaphorin receptor complex / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / respiratory burst / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / semaphorin receptor activity / ruffle organization / cell projection assembly / negative regulation of cell adhesion / thioesterase binding / negative regulation of fibroblast migration / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / Nef and signal transduction / RHOD GTPase cycle / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide biosynthetic process / PCP/CE pathway / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / motor neuron axon guidance / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Azathioprine ADME / Activation of RAC1 / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / GTPase activating protein binding / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / ossification involved in bone maturation / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / regulation of cytoskeleton organization / positive regulation of Rho protein signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of cell size / DSCAM interactions / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of axonogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / localization / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / positive regulation of microtubule polymerization / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / actin filament polymerization / GTPase activator activity / cell-matrix adhesion / cell chemotaxis / substrate adhesion-dependent cell spreading / 低分子量GTPアーゼ / neuron projection morphogenesis / G protein activity / positive regulation of endothelial cell migration / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / actin filament organization / 運動性 / RHO GTPases Activate Formins / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain ...GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin E-set / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Plexin-B1 / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bell, C.H. / Aricescu, A.R. / Jones, E.Y. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: A Dual Binding Mode for RhoGTPases in Plexin Signalling.
著者: Bell, C.H. / Aricescu, A.R. / Jones, E.Y. / Siebold, C.
履歴
登録2011年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月5日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
X: Plexin-B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0764
ポリマ－90,5302
非ポリマー5472
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area36310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.450, 63.810, 84.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Cell migration-inducing gene 5 protein / Ras-like protein TC25 / p21-Rac1


分子量: 20668.826 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1, TC25, MIG5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000
#2: タンパク質 Plexin-B1 / Semaphorin receptor SEP


分子量: 69860.766 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1533-2135 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB1, KIAA0407, PLXN5, SEP
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43157
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
配列の詳細S1625T CONFLICT IN UNP ENTRY O43157

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
RCSB0666571
11
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 15655 / Biso Wilson estimate: 72.26 Å2

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.9.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→45.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9043 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8542 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2377 786 5.02 %RANDOM
Rwork0.2066 ---
all0.2082 16434 --
obs0.2082 15648 --
原子変位パラメータBiso mean: 66.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.707 Å20 Å210.6322 Å2
2---2.312 Å20 Å2
3---1.605 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.678 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5729 0 33 0 5762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085885HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.937997HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2069SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes139HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes837HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5885HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.52
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion760SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6397SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2956 123 4.38 %
Rwork0.2528 2684 -
all0.2547 2807 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63450.295-0.11041.64040.51443.3850.17530.0027-0.20150.3594-0.01680.2888-0.0877-0.4187-0.1585-0.00090.03170.1005-0.12070.0395-0.073422.4945-18.842631.646
21.99181.32670.90472.5341.03582.50950.0474-0.0902-0.3226-0.31240.00920.32090.0419-0.4128-0.0566-0.1318-0.068-0.07870.06380.062-0.11418.1161-35.0871-6.5955
32.3308-2.3222-4.26524.2102-3.51443.64570.00650.27610.1682-0.1570.07990.0653-0.153-0.0743-0.08640.17040.08820.0811-0.01490.12550.114242.9258-54.84115.6567
41.7625-0.1447-0.56992.61731.31333.53660.0983-0.07070.08740.08330.0985-0.3179-0.32150.058-0.1968-0.01630.01750.0908-0.1167-0.0084-0.136238.7754-19.882114.5173
52.39260.6145-1.05542.5630.68814.25210.2215-0.1683-0.01240.29660.0559-0.0036-0.08650.0262-0.2774-0.15290.0962-0.0279-0.26540.0791-0.189430.0475-18.897126.5785
66.68663.6071.3456.73270.89284.091-0.1325-0.1743-0.0456-0.3893-0.11960.137-0.08390.06680.2521-0.3039-0.1633-0.1876-0.181-0.036-0.0549-4.6276-50.4964-29.858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ X|1560 - X|1699 }X1560 - 1699
2X-RAY DIFFRACTION2{ X|1700 - X|1890 }X1700 - 1890
3X-RAY DIFFRACTION3{ X|1891 - X|1908 }X1891 - 1908
4X-RAY DIFFRACTION4{ X|1909 - X|1999 }X1909 - 1999
5X-RAY DIFFRACTION5{ X|2000 - X|2129 }X2000 - 2129
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|1 - A|178 }A1 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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