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- PDB-3sph: Inward rectifier potassium channel Kir2.2 I223L mutant in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sph
タイトルInward rectifier potassium channel Kir2.2 I223L mutant in complex with PIP2
要素Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
キーワードMETAL TRANSPORT / PIP / membrane protein (膜タンパク質) / lipid (脂質) / receptor (受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of G protein gated Potassium channels / Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transport / protein homotetramerization ...Activation of G protein gated Potassium channels / Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transport / protein homotetramerization / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, N-terminal / Inward rectifier potassium channel N-terminal / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, N-terminal / Inward rectifier potassium channel N-terminal / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-PIO / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12 / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.003 Å
データ登録者Hansen, S.B. / Tao, X. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structural basis of PIP(2) activation of the classical inward rectifier K(+) channel Kir2.2.
著者: Hansen, S.B. / Tao, X. / Mackinnon, R.
履歴
登録2011年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2656
ポリマ－39,3621
非ポリマー9035
水0
1
A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子

A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子

A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子

A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,05924
ポリマ－157,4474
非ポリマー3,61220
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
Buried area29720 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area54730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.725, 82.725, 185.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

K

21A-502-

K

31A-503-

K

41A-504-

K

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要素

#1: タンパク質 Inward-rectifier K+ channel Kir2.2 / inward rectifier potassium channel 2.2


分子量: 39361.723 Da / 分子数: 1 / 変異: I223L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: Kir2.2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: D2YW45, UniProt: F1NHE9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 746.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12.1% PEG400, 0.5 M potassium chloride, 0.05 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月27日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 12263 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SPG

3spg


解像度: 3.003→36.303 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 553 4.75 %
Rwork0.2168 --
obs0.2186 11630 93.57 %
all-17165 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.781 Å2 / ksol: 0.258 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.8367 Å2-0 Å2-0 Å2
2---21.8367 Å20 Å2
3----10.3105 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.003→36.303 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2665 0 44 0 2709
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9773747
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.321023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003471
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0032-3.30520.36041290.30932508X-RAY DIFFRACTION85
3.3052-3.78310.25831360.23232790X-RAY DIFFRACTION95
3.7831-4.76460.22551450.17042851X-RAY DIFFRACTION97
4.7646-36.30570.24891430.22272928X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2768-0.5081-0.90992.2378-1.01771.06580.07940.0104-0.4044-0.23180.0896-0.19840.36020.69940.00040.6990.0895-0.01940.79780.08130.8136-30.4716-48.599-51.9962
22.65020.53441.23212.7714-0.5243.57890.0695-0.00970.1766-0.0394-0.1588-0.3258-0.40330.42890.00010.8168-0.1448-0.0030.7273-0.00630.8709-25.9251-27.6591-1.5176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 70:188))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 189:372)) or ((resseq 41:69))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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