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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s7s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human placental aromatase complexed with breast cancer drug exemestane | ||||||
要素 | Cytochrome P450 19A1 | ||||||
キーワード | Oxidoreductase/Oxidoreductase Inhibitor / Cytochrome P450 (シトクロムP450) / Oxidoreductase (酸化還元酵素) / Oxidoreductase-Oxidoreductase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アロマターゼ / Defective CYP19A1 causes AEXS / positive regulation of estradiol secretion / androgen catabolic process / female genitalia development / syncytium formation / estrogen biosynthetic process / negative regulation of chronic inflammatory response / Estrogen biosynthesis / testosterone biosynthetic process ...アロマターゼ / Defective CYP19A1 causes AEXS / positive regulation of estradiol secretion / androgen catabolic process / female genitalia development / syncytium formation / estrogen biosynthetic process / negative regulation of chronic inflammatory response / Estrogen biosynthesis / testosterone biosynthetic process / sterol metabolic process / prostate gland growth / negative regulation of macrophage chemotaxis / mammary gland development / steroid biosynthetic process / steroid hydroxylase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / aromatase activity / female gonad development / uterus development / Endogenous sterols / oxygen binding / response to estradiol / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å | ||||||
データ登録者 | Ghosh, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012 タイトル: Novel aromatase inhibitors by structure-guided design. 著者: Ghosh, D. / Lo, J. / Morton, D. / Valette, D. / Xi, J. / Griswold, J. / Hubbell, S. / Egbuta, C. / Jiang, W. / An, J. / Davies, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s7s.cif.gz | 104.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s7s.ent.gz | 80.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s7s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57954.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP19A1, ARO1, CYAR, CYP19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P11511, 非特異的モノオキシゲナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-EXM / ( |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 24-32% PEG 4000, phosphate buffer, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月24日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.21→121.79 Å / Num. all: 22611 / Num. obs: 21353 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 106.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 23.93 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.21→121.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 16.375 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 95.385 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.21→121.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.21→3.291 Å / Total num. of bins used: 20
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