ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
MOLREP | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.7_650)精密化 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3DVZ 解像度: 1.1→29.61 Å / σ(F): 2.06 / 位相誤差: 20.9 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.1559 | 1326 | 5.01 % |
---|
Rwork | 0.1166 | - | - |
---|
obs | 0.118 | 26483 | 99.8 % |
---|
all | - | 26477 | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 82.04 Å2 / ksol: 0.435 e/Å3 |
---|
原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | 0.5863 Å2 | 0 Å2 | -0 Å2 |
---|
2- | - | 0.5863 Å2 | -0 Å2 |
---|
3- | - | - | -1.1725 Å2 |
---|
|
---|
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.11 Å |
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→29.61 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 0 | 581 | 0 | 198 | 779 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 707 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.969 | 1106 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d17.137 | 350 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.063 | 146 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.01 | 29 | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
---|
1.1002-1.1442 | 0.2463 | 144 | 0.2141 | 2733 | X-RAY DIFFRACTION | 93 | 1.1442-1.1963 | 0.2263 | 147 | 0.2011 | 2787 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 1.1963-1.2594 | 0.186 | 147 | 0.1774 | 2798 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 1.2594-1.3383 | 0.1837 | 148 | 0.1645 | 2805 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 1.3383-1.4416 | 0.1724 | 147 | 0.1644 | 2805 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 1.4416-1.5867 | 0.1698 | 146 | 0.1549 | 2771 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 1.5867-1.8162 | 0.1365 | 148 | 0.1254 | 2813 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 1.8162-2.2881 | 0.1532 | 149 | 0.1145 | 2819 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 2.2881-27.6072 | 0.1395 | 149 | 0.0679 | 2826 | X-RAY DIFFRACTION | 95 |
|
---|