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- PDB-3s4c: Lactose phosphorylase in complex with sulfate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s4c
タイトルLactose phosphorylase in complex with sulfate
要素Lactose Phosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / GH94 / alpha barrel / lactose phosphorylase / disaccharide phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


セロビオースホスホリラーゼ / cellobiose phosphorylase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
mpn423 like domain / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 / Cellobiose phosphorylase, N-terminal / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 ...mpn423 like domain / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 / Cellobiose phosphorylase, N-terminal / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Glycosyltransferase - #10 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / サンドイッチ / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-ジオキサン / セロビオースホスホリラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Cellulomonas uda (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Van Hoorebeke, A. / Stout, J. / Soetaert, W. / Van Beeumen, J. / Desmet, T. / Savvides, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cellobiose phosphorylase: reconstructing the structural itinerary along the catalytic pathway
著者: Van Hoorebeke, A. / Stout, J. / Soetaert, W. / Van Beeumen, J. / Desmet, T. / Savvides, S.
履歴
登録2011年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactose Phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6843
ポリマ－91,5001
非ポリマー1842
水8,899494
1
A: Lactose Phosphorylase
ヘテロ分子

A: Lactose Phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,3686
ポリマ－183,0002
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area47950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.450, 93.210, 106.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-824-

DIO

21A-1176-

HOH

31A-1189-

HOH

41A-1291-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lactose Phosphorylase


分子量: 91499.992 Da / 分子数: 1 / 変異: T508I, N667A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Lactose phosphorylase is a T508I/N667A mutant created through directed evolution from cellobiose phosphorylase from Cellulomoas uda.
由来: (組換発現) Cellulomonas uda (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7WTR6, セロビオースホスホリラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M Mes monohydrate pH6.5, 10% 1,4-dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月20日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.82 Å / Num. all: 33898 / Num. obs: 33519 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.47 Å2
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.82 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2141 335 1 %random
Rwork0.1823 ---
obs0.1826 33444 98.9 %-
all-33444 --
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.982 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 67.84 Å2 / Biso mean: 21.4235 Å2 / Biso min: 9.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8443 Å2-0 Å20 Å2
2---2.9495 Å2-0 Å2
3---2.1053 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6399 0 11 494 6904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.138993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062955
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5342313
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-3.02220.27541640.22162101637498
3.0222-19.820.18221710.16311689917070100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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