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万見
- PDB-3s41: Glucokinase in complex with activator and glucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s41
タイトルGlucokinase in complex with activator and glucose
要素Glucokinaseグルコキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / DIABETES MELLITUS (糖尿病) / DISEASE MUTATION / GLYCOLYSIS (解糖系)
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process ...Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / NADP metabolic process / glucose binding / cellular response to leptin stimulus / calcium ion import / canonical glycolysis / 解糖系 / regulation of glycolytic process / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / regulation of insulin secretion / positive regulation of glycogen biosynthetic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / response to glucose / glycolytic process / positive regulation of insulin secretion / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / glucose homeostasis / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / Chem-S41 / Hexokinase-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Liu, S.
引用ジャーナル: MEDCHEMCOMM / 年: 2011
タイトル: Designing glucokinase activators with reduced hypoglycemia risk: discovery of N,N-dimethyl-5-(2-methyl-6-((5-methylpyrazin-2-yl)-carbamoyl)benzofuran-4-yloxy)pyrimidine-2-carboxamide as ...タイトル: Designing glucokinase activators with reduced hypoglycemia risk: discovery of N,N-dimethyl-5-(2-methyl-6-((5-methylpyrazin-2-yl)-carbamoyl)benzofuran-4-yloxy)pyrimidine-2-carboxamide as a clinical candidate for the treatment of type 2 diabetes mellitus
著者: Pfefferkorn, J.A. / Guzman-Perez, A. / Oates, P.J. / Litchfield, J. / Aspnes, G. / Basak, A. / Benbow, J. / Berliner, M.A. / Bian, J. / Choi, C. / Freeman-Cook, K. / Corbett, J.W. / Didiuk, M. ...著者: Pfefferkorn, J.A. / Guzman-Perez, A. / Oates, P.J. / Litchfield, J. / Aspnes, G. / Basak, A. / Benbow, J. / Berliner, M.A. / Bian, J. / Choi, C. / Freeman-Cook, K. / Corbett, J.W. / Didiuk, M. / Dunetz, J.R. / Filipski, K.J. / Hungerford, W.M. / Jones, C.S. / Karki, K. / Ling, A. / Li, J.-C. / Patel, L. / Perreault, C. / Risley, H. / Saenz, J. / Song, W. / Tu, M. / Aiello, R. / Atkinson, K. / Barucci, N. / Beebe, D. / Bourassa, P. / Bourbounais, F. / Brodeur, A.M. / Burbey, R. / Chen, J. / D'Aquila, T. / Derksen, D.R. / Haddish-Berhane, N. / Huang, C. / Landro, J. / Lapworth, A.L. / MacDougall, M. / Perregaux, D. / Pettersen, J. / Robertson, A. / Tan, B. / Treadway, J.L. / Liu, S. / Qiu, X. / Knafels, J. / Ammirati, M. / Song, X. / DaSilva-Jardine, P. / Liras, S. / Sweet, L. / Rolph, T.P.
履歴
登録2011年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5754
ポリマ－52,9391
非ポリマー6363
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.010, 82.200, 86.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glucokinase / グルコキナーゼ / Hexokinase type IV / HK IV / Hexokinase-4 / HK4 / Hexokinase-D


分子量: 52939.133 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 12-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCK / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35557, グルコキナーゼ
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-S41 / N,N-dimethyl-5-({2-methyl-6-[(5-methylpyrazin-2-yl)carbamoyl]-1-benzofuran-4-yl}oxy)pyrimidine-2-carboxamide / N-(5-メチルピラジン-2-イル)-2-メチル-4-[2-(ジメチルカルバモイル)ピリミジン-5-イルオキシ]ベンゾ(以下略)


分子量: 432.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20N6O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→82.2 Å / Num. obs: 22198 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 28.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.9.3 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3FGU

3fgu


解像度: 2.18→52.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9274 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8777 / SU R Cruickshank DPI: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.342 / SU Rfree Blow DPI: 0.234 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.231
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 1105 4.99 %RANDOM
Rwork0.1898 ---
obs0.1926 22127 86.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2357 Å20 Å20 Å2
2---4.5448 Å20 Å2
3---1.3091 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.266 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→52.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3506 0 45 181 3732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013651HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.174918HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1361SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes102HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes539HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3651HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.26
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion460SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4397SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.29 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 66 5.33 %
Rwork0.1992 1173 -
all0.2015 1239 -
obs--86.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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