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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rvy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (Ile217Cys, 2.7 A) | ||||||
要素 | Ion transport proteinIon transporter | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / tetrameric ion channel / voltage-gated sodium-selective ion channel / membrane (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Arcobacter butzleri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Payandeh, J. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2011 タイトル: The crystal structure of a voltage-gated sodium channel. 著者: Payandeh, J. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rvy.cif.gz | 108.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rvy.ent.gz | 80.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rvy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/3rvy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/3rvy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33105.094 Da / 分子数: 2 / 変異: I217C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (バクテリア) 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / プラスミド: pFastBac Dual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: A8EVM5 #2: 化合物 | ChemComp-PX4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75 詳細: CHAPSO:DMPC bicelles, 2 M ammonium sulphate, 0.1 M Na-citrate pH 4.75, 28% glucose, 0.01 M YCl3, nicotinic acid (sat.), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99994 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月24日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99994 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 42048 / Num. obs: 36497 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 23.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.76 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / % possible all: 55.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→50 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Built using SAD data sets from Hg and SeMet crystals
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.73 Å /
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