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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rel | ||||||
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タイトル | 2.7 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) Derivatized with Triamminechloroplatinum(II) Chloride | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA (構造) / nucleosome (ヌクレオソーム) / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex (構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, B. / Davey, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011 タイトル: Specific DNA structural attributes modulate platinum anticancer drug site selection and cross-link generation. 著者: Wu, B. / Davey, G.E. / Nazarov, A.A. / Dyson, P.J. / Davey, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rel.cif.gz | 322.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rel.ent.gz | 244.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rel.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3rel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3rel | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233 #2: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897 #4: タンパク質 | 分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 |
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-DNA鎖 , 1種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 45054.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 3種, 53分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PT / #8: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.07 Å |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→59 Å / Num. obs: 53327 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 19.8 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KX4 解像度: 2.7→59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.765 / SU B: 14.361 / SU ML: 0.302 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.395 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.593 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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