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- PDB-3r94: AKR1C3 complex with flurbiprofen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r94
タイトルAKR1C3 complex with flurbiprofen
要素Aldo-keto reductase family 1 member C3
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / TIM barrel (TIMバレル) / flurbiprofen (フルルビプロフェン) / oxidoreductase (酸化還元酵素) / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-F synthase / テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin-F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 3β(or 20α)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process ...prostaglandin-F synthase / テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin-F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 3β(or 20α)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 3α(17β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / phenanthrene 9,10-monooxygenase activity / macromolecule metabolic process / regulation of testosterone biosynthetic process / cellular response to jasmonic acid stimulus / 3α(or20β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process / RA biosynthesis pathway / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin D stimulus / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / aldo-keto reductase (NADPH) activity / cyclooxygenase pathway / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / retinal dehydrogenase activity / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Retinoid metabolism and transport / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / keratinocyte differentiation / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / response to nutrient / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2-(3-fluoro-4-phenyl-phenyl)propanoic acid / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.013 Å
データ登録者Yosaatmadja, Y. / Teague, R.M. / Flanagan, J.U. / Squire, C.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of three classes of non-steroidal anti-inflammatory drugs in complex with aldo-keto reductase 1C3.
著者: Flanagan, J.U. / Yosaatmadja, Y. / Teague, R.M. / Chai, M.Z. / Turnbull, A.P. / Squire, C.J.
履歴
登録2011年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0274
ポリマ－37,9771
非ポリマー1,0503
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.865, 63.770, 95.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C3 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha- ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 / 3-alpha-HSD type 2 / Chlordecone reductase homolog HAKRb / Dihydrodiol dehydrogenase 3 / DD-3 / DD3 / Dihydrodiol dehydrogenase type I / HA1753 / Indanol dehydrogenase / Prostaglandin F synthase / PGFS / Testosterone 17-beta-dehydrogenase 5 / Trans-1 / 2-dihydrobenzene-1 / 2-diol dehydrogenase


分子量: 37977.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / プラスミド: pET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素, EC: 1.1.1.213, インダノールデヒドロゲナーゼ, prostaglandin-F synthase, EC: 1.1.1.63, テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ, ...参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素, EC: 1.1.1.213, インダノールデヒドロゲナーゼ, prostaglandin-F synthase, EC: 1.1.1.63, テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ, Trans-1,2-ジヒドロベンゼン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-FLR / (2R)-2-(3-fluoro-4-phenyl-phenyl)propanoic acid / Flurbirprofen, R-form / (R)-フルルビプロフェン / Tarenflurbil


分子量: 244.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13FO2 / コメント: 抗炎症剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM sodium acetate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 275K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.013→19.49 Å / Num. all: 23287 / Num. obs: 23287 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.013→2.12 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 3130 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FGB

2fgb


解像度: 2.013→19.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.537 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 1185 5.1 %RANDOM
Rwork0.17546 ---
all0.17774 22082 --
obs0.17774 22082 98.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.013→19.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 70 71 2541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222553
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.93623476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6485309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.98223.913115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5415423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7241516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0211.51533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.722473
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77831020
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0154.5999
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.013→2.065 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 76 -
Rwork0.228 1404 -
obs--85.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.501 Å / Origin y: 26.587 Å / Origin z: 10.789 Å
111213212223313233
T0.0319 Å20.0042 Å20.0074 Å2-0.0427 Å20.0052 Å2--0.0962 Å2
L0.5053 °2-0.0099 °20.0527 °2-0.0763 °20.322 °2--0.7547 °2
S0.0026 Å °-0.0153 Å °0.0513 Å °-0.0005 Å °-0.0328 Å °-0.0205 Å °0.0235 Å °-0.0309 Å °0.0302 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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