PDB-3r8c: Crystal structure of cytidylate kinase (Cmk) from Mycobacterium a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r8c

タイトル

Crystal structure of cytidylate kinase (Cmk) from Mycobacterium abscessus

要素

Cytidylate kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID /

Mycobacterium (マイコバクテリウム属) /

tuberculosis (結核) / water contaminant / chronic lung disease / rapid growing mycobacterium / pyrimidine nucleoside monophosphate kinase /

phosphotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

(d)CMP kinase /

CMP kinase activity / dCMP kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process /

リン酸化 /

ATP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.3	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r8c.cif.gz	161.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r8c.ent.gz	127.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/3r8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/3r8c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3u0bC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 2h92S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4die-1 2ysw-1 4die-2 3r20-3 2ysw-2 4e93-d 5xzv-2 2ox1-2 5dqv-d 2ox1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyabA.00663.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytidylate kinase

B: Cytidylate kinase

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.130, 70.490, 92.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.950, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cytidylate kinase / / CK / Cytidine monophosphate kinase 分子量: 23865.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: cmk, MAB_2371 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MB31, UMP/CMP kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: protein at 27.9 mg/mL 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 2250, 12.5% MPD, 0.1 M MOPS/NaHepes, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日 / 詳細: VariMax

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 22360 / Num. obs: 21148 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.545 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15.76

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.2-2.26		3.1	0.201	6.45	4665	1673	1521	90.9
2.26-2.32			0.186	6.43	4477		1434	91
2.32-2.39			0.149	7.12	4678		1458	93.3
2.39-2.46			0.125	8.15	4602		1438	93.8
2.46-2.54			0.112	8.79	4362		1354	94
2.54-2.63			0.104	9.33	4325		1360	94.2
2.63-2.73			0.092	10.97	4104		1282	95.5
2.73-2.84			0.079	11.54	4117		1291	95.1
2.84-2.97			0.068	13.82	3798		1182	95.5
2.97-3.11			0.06	15.38	3764		1188	96.2
3.11-3.28			0.051	18.45	3470		1089	96.6
3.28-3.48			0.045	22.14	3324		1054	96.1
3.48-3.72			0.039	26.47	3152		1004	96.6
3.72-4.02			0.036	28.14	2856		922	96.2
4.02-4.4			0.03	30.91	2662		847	95.8
4.4-4.92			0.033	30.13	2444		786	96.3
4.92-5.68			0.033	28.05	2152		687	98
5.68-6.96			0.033	26.34	1823		586	97.5
6.96-9.84			0.027	33.84	1338		443	95.1
	9.84		0.023	37.95	658		222	82.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 55.91 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	19.35 Å
Translation	3 Å	19.35 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2h92

2h92

解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / WR_factor R_free: 0.2366 / WR_factor R_work: 0.2003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8173 / SU B: 14.63 / SU ML: 0.164 / SU R Cruickshank DPI: 0.3083 / SU R_free: 0.2268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2538	1056	5 %	RANDOM
R_work	0.2143	-	-	-
obs	0.2162	21127	94.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.52 Å² / B_iso mean: 27.7739 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.37 Å²	0 Å²	-1.29 Å²
2-	-	-2.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2871	0	0	200	3071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.457	1.974	3975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.197	5	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.231	24.434	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.434	15	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.698	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.678	1.5	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.214	2	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.094	3	897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.346	4.5	762

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	86	-
R_work	0.283	1429	-
all	-	1515	-
obs	-	-	90.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3722	0.4744	-1.3475	5.331	-0.0112	4.9852	-0.0165	-0.1903	0.1061	-0.1878	0.0765	-0.1809	0.0844	0.0777	-0.06	0.0859	0.0064	-0.0078	0.0689	-0.0391	0.0903	15.0533	-7.9295	-2.0019
2	0.7153	-0.1267	-0.246	1.7133	0.3752	3.3725	0.042	-0.0666	-0.1008	-0.1055	0.0094	-0.0179	-0.1853	0.0612	-0.0514	0.0442	-0.0004	0.0269	0.1114	0.0222	0.1548	19.9582	4.2382	13.5016
3	1.4756	0.8358	-0.37	6.5228	2.5659	4.1306	-0.0564	-0.0674	0.2158	-0.2291	-0.1863	0.2771	-0.2643	-0.352	0.2427	0.0341	0.0567	-0.0135	0.1054	-0.0091	0.1508	7.8252	2.0708	2.0279
4	2.2555	-2.7605	-0.3549	4.1483	1.7934	3.4451	-0.2176	-0.1311	-0.0677	0.3544	0.0252	0.1548	0.4108	-0.1965	0.1925	0.1474	-0.0466	0.0265	0.0741	-0.0367	0.1014	10.439	-17.2049	3.8395
5	0.852	0.5413	1.0592	1.3956	1.3877	2.8204	0.0453	0.0511	-0.084	0.2305	0.1274	-0.134	0.0472	-0.0184	-0.1727	0.154	-0.0024	-0.0456	0.0631	0.0236	0.1283	28.9986	-0.115	39.708
6	1.1853	0.4281	1.745	2.0073	0.8594	2.6471	0.0507	-0.0901	-0.0131	0.3333	-0.0584	0.0813	0.1106	-0.2045	0.0077	0.1261	-0.0227	0.0312	0.1056	0.0094	0.1009	24.0384	2.0322	43.2325
7	3.9087	4.2781	1.8328	4.8977	1.2513	6.8144	-0.9019	0.5325	0.6338	-0.7914	0.6872	0.7357	-0.6193	0.1235	0.2146	0.4358	-0.0309	-0.1326	0.2391	0.1129	0.2114	17.7425	14.8732	40.4848
8	2.2372	4.6706	-1.5757	9.7823	-3.7714	9.1527	-0.0162	-0.0928	-0.0783	-0.1148	-0.1254	-0.1838	-0.1236	-0.1283	0.1416	0.2941	0.008	-0.1191	0.0464	-0.0578	0.147	31.7031	19.5194	52.5699

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	29 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	104 - 139
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	140 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-1 - 79
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	80 - 147
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	148 - 196
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	197 - 217

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関連情報:EMDBヘッダ

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