[日本語] English
万見
- PDB-3qjn: Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qjn
タイトルStructural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands
要素
  • Beta-PIX
  • SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / PDZ domain (PDZドメイン) / Protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / Beta-PIX
機能・相同性
機能・相同性情報


presynaptic actin cytoskeleton organization / somatostatin receptor binding / determination of affect / negative regulation of microtubule nucleation / Ephrin signaling / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / G alpha (12/13) signalling events ...presynaptic actin cytoskeleton organization / somatostatin receptor binding / determination of affect / negative regulation of microtubule nucleation / Ephrin signaling / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / G alpha (12/13) signalling events / RHOQ GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / synaptic receptor adaptor activity / RHOA GTPase cycle / olfactory behavior / synapse maturation / Neurexins and neuroligins / negative regulation of actin filament bundle assembly / storage vacuole / astrocyte cell migration / positive regulation of growth hormone secretion / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / postsynaptic actin cytoskeleton organization / protein localization to synapse / vocalization behavior / 馴化 / regulation of AMPA receptor activity / ankyrin repeat binding / dendritic spine morphogenesis / gamma-tubulin binding / positive regulation of dendritic spine development / lamellipodium assembly / adult behavior / small GTPase-mediated signal transduction / mitotic spindle pole / Golgi organization / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / 学習 / neuromuscular process controlling balance / Rho protein signal transduction / excitatory synapse / GABA-ergic synapse / long-term memory / hematopoietic progenitor cell differentiation / ruffle / ionotropic glutamate receptor binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / SH3 domain binding / signaling receptor complex adaptor activity / lamellipodium / 細胞皮質 / 成長円錐 / postsynaptic membrane / postsynapse / scaffold protein binding / protein-containing complex assembly / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / 中心体 / 樹状突起 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / protein-containing complex binding / protein kinase binding / protein-containing complex / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / PDZ domain 6 / PDZドメイン / Variant SH3 domain ...Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / PDZ domain 6 / PDZドメイン / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PDZドメイン / Pdz3 Domain / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / Ankyrin repeats (3 copies) / PDZ superfamily / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Lee, J.H. / Park, H. / Park, S.J. / Kim, H.J. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: The structural flexibility of the shank1 PDZ domain is important for its binding to different ligands
著者: Lee, J.H. / Park, H. / Park, S.J. / Kim, H.J. / Eom, S.H.
履歴
登録2011年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月18日Group: Derived calculations
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
C: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
D: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
E: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
F: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
G: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
H: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
I: Beta-PIX
J: Beta-PIX
K: Beta-PIX
L: Beta-PIX
M: Beta-PIX
N: Beta-PIX
O: Beta-PIX
P: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,82916
ポリマ－108,82916
非ポリマー00
水2,324129
1
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
I: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6042
ポリマ－13,6042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
J: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6042
ポリマ－13,6042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
K: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6042
ポリマ－13,6042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
L: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6042
ポリマ－13,6042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
M: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6042
ポリマ－13,6042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
N: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6042
ポリマ－13,6042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
O: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6042
ポリマ－13,6042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
P: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6042
ポリマ－13,6042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.373, 95.155, 108.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1 / Shank1 / GKAP/SAPAP-interacting protein / SPANK-1 / Somatostatin receptor-interacting protein / ...Shank1 / GKAP/SAPAP-interacting protein / SPANK-1 / Somatostatin receptor-interacting protein / SSTR-interacting protein / SSTRIP / Synamon


分子量: 12755.696 Da / 分子数: 8 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Shank1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WV48
#2: タンパク質・ペプチド
Beta-PIX


分子量: 847.869 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: O55043*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.19 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES, 12% ethanol, 10% ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 24385 / Num. obs: 24385 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 71.03 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.9.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.71→21.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8992 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8467 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2718 1230 5.06 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.2169 24304 --
原子変位パラメータBiso max: 158.44 Å2 / Biso mean: 69.24 Å2 / Biso min: 19.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.3554 Å20 Å20 Å2
2---18.6936 Å20 Å2
3---0.3383 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.379 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→21.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6416 0 0 129 6545
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2320SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes176HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes920HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6496HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion824SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7024SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6496HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8736HARMONIC21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.04
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.83 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3306 149 5.34 %
Rwork0.2282 2642 -
all0.2337 2791 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.8438 Å / Origin y: 94.4871 Å / Origin z: 93.7995 Å
111213212223313233
T0.1062 Å2-0.0136 Å2-0.0026 Å2--0.027 Å20.0083 Å2---0.0801 Å2
L4.762 °2-0.7575 °20.081 °2-2.845 °20.5484 °2--0.6084 °2
S0.0152 Å °0.0524 Å °0.2022 Å °-0.2265 Å °0.0073 Å °-0.0199 Å °0.0108 Å °-0.0047 Å °-0.0226 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|656 - A|757 }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る