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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qhp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic domain of cholesterol-alpha-glucosyltransferase from Helicobacter pylori | ||||||
要素 | Type 1 capsular polysaccharide biosynthesis protein J (CapJ) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, S.J. / Lee, B.I. / Suh, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2011 タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of cholesterol-alpha-glucosyltransferase from Helicobacter pylori 著者: Lee, S.J. / Lee, B.I. / Suh, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qhp.cif.gz | 79.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qhp.ent.gz | 59.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qhp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18578.461 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, residues 201-366 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 26695 / 遺伝子: HP0421 / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O25175 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.21 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 25% (w/v) PEG 3350, 0.1M glycine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 45557 / % possible obs: 96 % | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Rsym value: 0.138 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.368 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.71 Å2 / Biso mean: 17.49 Å2 / Biso min: 3.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
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