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- PDB-3qdl: Crystal structure of RdxA from Helicobacter pyroli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qdl
タイトルCrystal structure of RdxA from Helicobacter pyroli
要素Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンモノヌクレオチド / Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rojas, A.L. / Martinez-Julvez, M. / Olekhnovich, I.N. / Hoffman, P.S. / Sancho, J.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Structure of RdxA--an oxygen-insensitive nitroreductase essential for metronidazole activation in Helicobacter pylori.
著者: Martinez-Julvez, M. / Rojas, A.L. / Olekhnovich, I. / Espinosa Angarica, V. / Hoffman, P.S. / Sancho, J.
履歴
登録2011年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22012年11月7日Group: Database references
改定 1.32013年1月30日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
C: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
D: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,41410
ポリマ－96,4044
非ポリマー2,0106
水3,063170
1
A: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2075
ポリマ－48,2022
非ポリマー1,0053
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15720 Å2
手法PISA
2
C: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
D: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2075
ポリマ－48,2022
非ポリマー1,0053
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8410 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area15690 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19740 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area28450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.440, 49.440, 304.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase


分子量: 24101.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: rdxA, HP_0954 / プラスミド: pET15brdxA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25608
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25 % PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-210.8726
シンクロトロンESRF BM1420.97625
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2010年2月19日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2010年4月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si (111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.87261
20.976251
Reflection冗長度: 5.5 % / Av σ(I) over netI: 3.6 / 数: 266704 / Rsym value: 0.145 / D res high: 2 Å / D res low: 76.12 Å / Num. obs: 48813 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
6.3238.3897.910.0860.0865.7
4.476.3299.110.1140.1145.6
3.654.4799.310.1310.1315.5
3.163.6599.610.1340.1345.5
2.833.1699.710.1470.1475.6
2.582.8399.810.1690.1695.5
2.392.5899.910.1830.1835.5
2.242.3910010.2050.2055.4
2.112.2410010.2420.2425.4
22.1110010.320.325.3
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.499
11K, H, -L20.501
反射解像度: 2→76.12 Å / Num. all: 48813 / Num. obs: 48813 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.115.30.322.43755271150.32100
2.11-2.245.40.2423.13677867850.242100
2.24-2.395.40.2053.63431563310.205100
2.39-2.585.50.1833.93238259340.18399.9
2.58-2.835.50.1694.12972654140.16999.8
2.83-3.165.60.1474.72726849110.14799.7
3.16-3.655.50.1344.82395643170.13499.6
3.65-4.475.50.1314.82032636660.13199.3
4.47-6.325.60.1145.11573128110.11499.1
6.32-38.3835.70.0866.6867015290.08697.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.38 Å
Translation2.5 Å38.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1icr

1icr


解像度: 2→76.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.2337 / WRfactor Rwork: 0.1992 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8542 / SU B: 2.964 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.0403 / SU Rfree: 0.0335 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 2511 5.1 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.1898 48807 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.8 Å2 / Biso mean: 19.935 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å2-0 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→76.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5444 0 136 170 5750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9152.0027630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9155676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.98224.359234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.007151088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.341532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.281.53416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.50925500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.57632256
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9334.52130
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 167 -
Rwork0.19 3435 -
all-3602 -
obs--98.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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