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万見
- PDB-3qc9: Crystal structure of cross-linked bovine GRK1 T8C/N480C double mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qc9
タイトルCrystal structure of cross-linked bovine GRK1 T8C/N480C double mutant complexed with ADP and Mg
要素Rhodopsin kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / enkaryotic protein kinase fold / protein serine/threonine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


rhodopsin kinase / rhodopsin kinase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / regulation of signal transduction / 視覚 / photoreceptor disc membrane / protein autophosphorylation / シグナル伝達 / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin kinase, catalytic domain / GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily ...Rhodopsin kinase, catalytic domain / GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Rhodopsin kinase GRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Huang, C.-C. / Tesmer, J.J.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Activation of G Protein-Coupled Receptor Kinase 1 Involves Interactions between Its N-Terminal Region and Its Kinase Domain.
著者: Huang, C.C. / Orban, T. / Jastrzebska, B. / Palczewski, K. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2011年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin kinase
B: Rhodopsin kinase
C: Rhodopsin kinase
D: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,77118
ポリマ－245,6844
非ポリマー2,08714
水2,036113
1
A: Rhodopsin kinase
D: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8869
ポリマ－122,8422
非ポリマー1,0447
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area45290 Å2
手法PISA
2
B: Rhodopsin kinase
C: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8869
ポリマ－122,8422
非ポリマー1,0447
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area45060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.696, 89.965, 122.638
Angle α, β, γ (deg.)88.07, 90.26, 68.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and resid 31:533
211chain B and resid 31:533
311chain C and resid 31:533
411chain D and resid 31:533
詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN. HOWEVER, THE MONOMERIC STATE IS FUNCTIONAL IN SOLUTION

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要素

#1: タンパク質
Rhodopsin kinase / / RK / G protein-coupled receptor kinase 1


分子量: 61421.012 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-535 / 変異: T8C, N480C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GRK1, RHOK / 細胞株 (発現宿主): High 5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P28327, rhodopsin kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 14-19% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.15 M MgCl2, and 0.02% n-dodecyl- D-maltoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月2日
放射モノクロメーター: diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 64625 / Num. obs: 61717 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.451 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3C4Z

3c4z


解像度: 2.7→29.599 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1 / 位相誤差: 26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 2897 5.06 %
Rwork0.1924 --
obs0.1943 57246 89.18 %
all-64191 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.025 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.1488 Å26.3631 Å2-1.1873 Å2
2--8.4486 Å23.6521 Å2
3----19.5974 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.599 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15565 0 128 113 15806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00816094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19821727
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1046055
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042825
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3873X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3873X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
13C3880X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
14D3905X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.79650.3882470.30854726X-RAY DIFFRACTION77
2.7965-2.90830.33432780.28034926X-RAY DIFFRACTION81
2.9083-3.04060.34572730.25595102X-RAY DIFFRACTION84
3.0406-3.20070.2672600.2395288X-RAY DIFFRACTION87
3.2007-3.4010.28363070.21365395X-RAY DIFFRACTION88
3.401-3.66310.25123080.20065533X-RAY DIFFRACTION91
3.6631-4.03090.24553040.18815632X-RAY DIFFRACTION93
4.0309-4.61230.17853030.15375826X-RAY DIFFRACTION95
4.6123-5.80380.18433090.15825963X-RAY DIFFRACTION98
5.8038-29.60070.17713080.17545958X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1174-0.02090.17930.0677-0.10871.10050.06260.0452-0.0234-0.0257-0.00050.03730.1710.1813-0.06240.22380.041-0.0270.2234-0.02610.2107-30.2211-10.753649.6961
20.2133-0.0530.3562-0.10.05891.26730.00620.02360.0021-0.00870.03370.00660.0770.0776-0.03270.2546-0.0380.00740.2139-0.00040.2447-42.1369-53.044844.4895
30.04690.01920.11160.0697-0.16250.46760.0317-0.0124-0.00190.02460.0093-0.0252-0.0824-0.033-0.03590.22140.03030.00840.19750.01930.2321-53.9075-51.7895-13.2996
40.2234-0.1104-0.1365-0.00610.25010.8380.02450.02870.0163-0.00780.0029-0.0219-0.15820.072300.2003-0.02030.0080.16870.01350.2035-41.6764-9.504-15.4474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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