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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pm6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative fructose-1,6-biphosphate aldolase from Coccidioides immitis solved by combined SAD MR | ||||||
要素 | Putative fructose-bisphosphate aldolase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / coccidioidomycosis (コクシジオイデス症) / Coccidioides / Valley Fever (コクシジオイデス症) / immitis / posadasii / fructose-1 (フルクトース) / 6-bisphosphate aldolase / zinc-containing enzyme / pathogenic fungus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Coccidioides immitis (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / SAD WITH molecular replacement / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2011 タイトル: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment. 著者: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pm6.cif.gz | 222.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pm6.ent.gz | 175.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pm6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/3pm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/3pm6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3k9gC 3km3C 3kw3C 3luzC 3menC 3njbC 3o2eC 3oibC 3p96C 3pfdC 2isvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33729.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coccidioides immitis (菌類) / 遺伝子: CIMG_05755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CJ44, fructose-bisphosphate aldolase #2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 23.4 mg/mL CoimA.00345.a.A1 PS00465 against ProPlex screen condition E11, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 8000, soaked into 1 M NaI, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 8000, 20% ...詳細: 23.4 mg/mL CoimA.00345.a.A1 PS00465 against ProPlex screen condition E11, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 8000, soaked into 1 M NaI, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 8000, 20% ethylene glycol, crystal tracking ID 206915e11, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月14日 / 詳細: Osmic VariMax HF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 数: 156341 / Rmerge(I) obs: 0.064 / D res high: 2.5 Å / Num. obs: 40641 / % possible obs: 98.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 30826 / Num. obs: 30048 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 34.628 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 12.96 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.5 Å / D res low: 28.89 Å / FOM : 0.457 / FOM acentric: 0.467 / FOM centric: 0.273 / 反射: 20866 / Reflection acentric: 19748 / Reflection centric: 961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: SAD WITH molecular replacement 開始モデル: 2isv 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.2256 / WRfactor Rwork: 0.1923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8436 / SU B: 10.248 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.2837 / SU Rfree: 0.2101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.1 Å2 / Biso mean: 27.6569 Å2 / Biso min: 4.34 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1892 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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