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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oyi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the PFV S217Q mutant intasome in complex with manganese | ||||||
要素 |
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キーワード | RECOMBINATION (遺伝的組換え) / VIRAL PROTEIN/DNA (ウイルス性) / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / TETRAMER (四量体) / DNA INTEGRATION / ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEASE (ヌクレアーゼ) / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEUS (細胞核) / TRANSFERASE (転移酵素) / VIRAL NUCLEOPROTEIN / VIRION (ウイルス) / DNA-BINDING / ZINC BINDING (亜鉛) / HHCC MOTIF / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / DNA-BINDING PROTEIN-DNA complex / VIRAL PROTEIN-DNA complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / タンパク質分解 / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human spumaretrovirus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å | ||||||
データ登録者 | Hare, S. / Cherepanov, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Molecular mechanisms of retroviral integrase inhibition and the evolution of viral resistance. 著者: Hare, S. / Vos, A.M. / Clayton, R.F. / Thuring, J.W. / Cummings, M.D. / Cherepanov, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3oyi.cif.gz | 153.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3oyi.ent.gz | 114.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3oyi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/3oyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/3oyi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3oyaC 3oybC 3oycC 3oydC 3oyeC 3oyfC 3oygC 3oyhC 3oyjC 3oykC 3oylC 3oymC 3oynC 3oy9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44497.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 752 to 1143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 株: HSRV2 / 遺伝子: POL / プラスミド: pSSH6P-PFV-INFL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: P14350 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD
#2: DNA鎖 | 分子量: 5834.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Donor DNA non-transferred strand |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 5195.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Donor DNA transferred strand |
-非ポリマー , 6種, 215分子
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 化合物 | ChemComp-NH4 / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.08 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.35 M ammonium sulfate, 25% (v/v) glycerol, 4.8% (v/v) 1,6-hexanediol, 50 mM Mes-NaOH, 1mM EDTA, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.72→38.946 Å / Num. obs: 43629 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 6.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3OY9 解像度: 2.72→38.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.2516 / WRfactor Rwork: 0.2207 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8322 / SU R Cruickshank DPI: 0.3012 / SU Rfree: 0.2416 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.71 Å2 / Biso mean: 62.1283 Å2 / Biso min: 25.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.72→38.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.72→2.79 Å / Total num. of bins used: 20
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