PDB-3otg: Crystal Structure of CalG1, Calicheamicin Glycostyltransferase, T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3otg

タイトル

Crystal Structure of CalG1, Calicheamicin Glycostyltransferase, TDP bound form

要素

CalG1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Calicheamicin (カリケアミシン) / TDP /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / GT-B fold /

Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

vancomycin biosynthetic process / UDP-glycosyltransferase activity /

hexosyltransferase activity / lipid glycosylation / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora echinospora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Chang, A. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Complete set of glycosyltransferase structures in the calicheamicin biosynthetic pathway reveals the origin of regiospecificity.
著者: Chang, A. / Singh, S. / Helmich, K.E. / Goff, R.D. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2010年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月2日	Group: Database references
改定 1.3	2012年8月8日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3otg.cif.gz	170.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3otg.ent.gz	139.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3otg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3otg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ia7C 3iaaC 3othC 3otiC 3rscC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ya6-1 1vhz-d 1i9t-3 7c0f-2 4ry1-2 3w8q-d 2ge5-d 3dnt-1 5veu-12 1wmk-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NatPro-GO.119370

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CalG1

ヘテロ分子

44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: CalG1

ヘテロ分子

A: CalG1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.177, 106.177, 155.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	CalG1 分子量: 43734.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 遺伝子: calG1, Q8KNF2 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q8KNF2
#2: 化合物	ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP / チミジン二リン酸分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₁₁P₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein Solution (20mg/ml CalG1 protein, 20mM Tris pH 8) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (20% PEG3350, 0.2M LiSO4, 100mM BisTris pH 6.5) Cryoprotected with 20% ethylene glycol, ...詳細: Protein Solution (20mg/ml CalG1 protein, 20mM Tris pH 8) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (20% PEG3350, 0.2M LiSO4, 100mM BisTris pH 6.5) Cryoprotected with 20% ethylene glycol, 20% PEG3350, 0.2M LiSO4, 100mM BisTris pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶

マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.57 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein Solution (20mg/ml CalG1 protein, 20mM Tris pH 8) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (20% PEG3350, 0.2M LiSO4, 100mM BisTris pH 6.5) Cryoprotected with 20% ethylene glycol, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9794, 0.9641

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月18日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochromater
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9641	1

Reflection

冗長度: 41.9 % / Av σ(I) over netI: 62.35 / 数: 1281384 / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.31 / D res high: 2.11 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30569 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.72	50	99.6	1	0.042	2.165	38
4.54	5.72	99.9	1	0.047	1.874	41.4
3.97	4.54	100	1	0.061	1.223	42
3.61	3.97	100	1	0.061	1.083	42.4
3.35	3.61	100	1	0.055	1.154	42.7
3.15	3.35	100	1	0.068	1.193	42.8
2.99	3.15	100	1	0.091	1.141	43.1
2.86	2.99	100	1	0.117	1.159	43
2.75	2.86	100	1	0.139	1.161	43.2
2.66	2.75	100	1	0.166	1.168	43.3
2.58	2.66	100	1	0.189	1.193	43.2
2.5	2.58	100	1	0.227	1.191	43.3
2.44	2.5	100	1	0.279	1.221	43.4
2.38	2.44	100	1	0.351	1.251	43.2
2.32	2.38	100	1	0.411	1.298	43.4
2.27	2.32	100	1	0.468	1.337	43.1
2.23	2.27	100	1	0.581	1.441	42.6
2.19	2.23	100	1	0.653	1.269	41.9
2.15	2.19	100	1	0.766	1.341	40.1
2.11	2.15	99.7	1	0.814	1.239	32.7

反射

解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 31794 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.9 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.306 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.11-2.15	32.7	0.814	1474	1.239	1	99.7
2.15-2.19	40.1	0.766	1494	1.341	1	100
2.19-2.23	41.9	0.653	1491	1.269	1	100
2.23-2.27	42.6	0.581	1514	1.441	1	100
2.27-2.32	43.1	0.468	1491	1.337	1	100
2.32-2.38	43.4	0.411	1486	1.298	1	100
2.38-2.44	43.2	0.351	1518	1.251	1	100
2.44-2.5	43.4	0.279	1492	1.221	1	100
2.5-2.58	43.3	0.227	1508	1.191	1	100
2.58-2.66	43.2	0.189	1523	1.193	1	100
2.66-2.75	43.3	0.166	1491	1.168	1	100
2.75-2.86	43.2	0.139	1526	1.161	1	100
2.86-2.99	43	0.117	1524	1.159	1	100
2.99-3.15	43.1	0.091	1522	1.141	1	100
3.15-3.35	42.8	0.068	1528	1.193	1	100
3.35-3.61	42.7	0.055	1542	1.154	1	100
3.61-3.97	42.4	0.061	1547	1.083	1	100
3.97-4.54	42	0.061	1572	1.223	1	100
4.54-5.72	41.4	0.047	1601	1.874	1	99.9
5.72-50	38	0.042	1725	2.165	1	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.08 Å / D res low: 45.98 Å / FOM acentric: 0.505 / FOM centric: 0.29 / Reflection acentric: 27188 / Reflection centric: 4610

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	2.08	45.98	25955	4477
ISO_2	0.828	0.805	2.08	45.98	25868	4468
ANO_1	0.585	0	2.08	45.98	25952	0
ANO_2	0.802	0	2.08	45.98	27089	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	9.13-45.98	0	0	239	218
ISO_1	6.52-9.13	0	0	496	229
ISO_1	5.34-6.52	0	0	674	226
ISO_1	4.63-5.34	0	0	812	233
ISO_1	4.15-4.63	0	0	941	233
ISO_1	3.79-4.15	0	0	1036	227
ISO_1	3.51-3.79	0	0	1150	233
ISO_1	3.28-3.51	0	0	1240	228
ISO_1	3.1-3.28	0	0	1323	233
ISO_1	2.94-3.1	0	0	1406	228
ISO_1	2.8-2.94	0	0	1483	229
ISO_1	2.68-2.8	0	0	1561	238
ISO_1	2.58-2.68	0	0	1625	236
ISO_1	2.49-2.58	0	0	1696	222
ISO_1	2.4-2.49	0	0	1762	239
ISO_1	2.32-2.4	0	0	1816	223
ISO_1	2.26-2.32	0	0	1877	238
ISO_1	2.19-2.26	0	0	1924	231
ISO_1	2.13-2.19	0	0	2017	232
ISO_1	2.08-2.13	0	0	877	101
ANO_1	9.13-45.98	0.15	0	239	0
ANO_1	6.52-9.13	0.132	0	496	0
ANO_1	5.34-6.52	0.127	0	674	0
ANO_1	4.63-5.34	0.179	0	812	0
ANO_1	4.15-4.63	0.272	0	941	0
ANO_1	3.79-4.15	0.32	0	1036	0
ANO_1	3.51-3.79	0.318	0	1150	0
ANO_1	3.28-3.51	0.339	0	1240	0
ANO_1	3.1-3.28	0.385	0	1323	0
ANO_1	2.94-3.1	0.489	0	1406	0
ANO_1	2.8-2.94	0.552	0	1483	0
ANO_1	2.68-2.8	0.645	0	1561	0
ANO_1	2.58-2.68	0.723	0	1625	0
ANO_1	2.49-2.58	0.767	0	1696	0
ANO_1	2.4-2.49	0.83	0	1762	0
ANO_1	2.32-2.4	0.875	0	1816	0
ANO_1	2.26-2.32	0.905	0	1877	0
ANO_1	2.19-2.26	0.935	0	1924	0
ANO_1	2.13-2.19	0.962	0	2017	0
ANO_1	2.08-2.13	0.968	0	874	0
ISO_2	9.13-45.98	0.656	0.652	239	217
ISO_2	6.52-9.13	0.686	0.68	496	229
ISO_2	5.34-6.52	0.733	0.684	674	226
ISO_2	4.63-5.34	0.786	0.806	812	233
ISO_2	4.15-4.63	0.829	0.865	941	233
ISO_2	3.79-4.15	0.828	0.859	1036	227
ISO_2	3.51-3.79	0.878	0.856	1150	233
ISO_2	3.28-3.51	0.865	0.843	1240	228
ISO_2	3.1-3.28	0.863	0.874	1323	233
ISO_2	2.94-3.1	0.866	0.832	1404	227
ISO_2	2.8-2.94	0.873	0.852	1478	228
ISO_2	2.68-2.8	0.861	0.873	1553	238
ISO_2	2.58-2.68	0.868	0.861	1621	236
ISO_2	2.49-2.58	0.867	0.872	1690	222
ISO_2	2.4-2.49	0.849	0.86	1754	238
ISO_2	2.32-2.4	0.844	0.876	1809	223
ISO_2	2.26-2.32	0.842	0.869	1864	236
ISO_2	2.19-2.26	0.817	0.82	1909	230
ISO_2	2.13-2.19	0.829	0.891	2003	230
ISO_2	2.08-2.13	0.931	1.031	872	101
ANO_2	9.13-45.98	0.192	0	239	0
ANO_2	6.52-9.13	0.153	0	496	0
ANO_2	5.34-6.52	0.161	0	674	0
ANO_2	4.63-5.34	0.226	0	812	0
ANO_2	4.15-4.63	0.313	0	941	0
ANO_2	3.79-4.15	0.387	0	1036	0
ANO_2	3.51-3.79	0.422	0	1150	0
ANO_2	3.28-3.51	0.482	0	1241	0
ANO_2	3.1-3.28	0.569	0	1324	0
ANO_2	2.94-3.1	0.706	0	1404	0
ANO_2	2.8-2.94	0.757	0	1481	0
ANO_2	2.68-2.8	0.833	0	1555	0
ANO_2	2.58-2.68	0.872	0	1625	0
ANO_2	2.49-2.58	0.897	0	1693	0
ANO_2	2.4-2.49	0.946	0	1761	0
ANO_2	2.32-2.4	0.952	0	1815	0
ANO_2	2.26-2.32	0.965	0	1875	0
ANO_2	2.19-2.26	0.975	0	1926	0
ANO_2	2.13-2.19	0.988	0	2010	0
ANO_2	2.08-2.13	0.991	0	2031	0

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
9.13-45.98	0.884	0.595	239	218
6.52-9.13	0.844	0.566	496	229
5.34-6.52	0.85	0.547	674	226
4.63-5.34	0.791	0.453	812	234
4.15-4.63	0.733	0.375	941	234
3.79-4.15	0.7	0.35	1036	227
3.51-3.79	0.696	0.306	1150	234
3.28-3.51	0.687	0.337	1241	229
3.1-3.28	0.692	0.277	1324	233
2.94-3.1	0.631	0.299	1406	229
2.8-2.94	0.619	0.274	1486	229
2.68-2.8	0.574	0.234	1563	238
2.58-2.68	0.525	0.228	1629	236
2.49-2.58	0.494	0.192	1699	223
2.4-2.49	0.44	0.166	1769	240
2.32-2.4	0.391	0.137	1822	223
2.26-2.32	0.337	0.159	1888	239
2.19-2.26	0.288	0.122	1941	231
2.13-2.19	0.244	0.116	2024	232
2.08-2.13	0.159	0.095	2048	226

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.08→45.976 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	1607	5.05 %
R_work	0.1926	-	-
obs	0.1943	31794	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.984 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 224.14 Å² / B_iso mean: 49.9016 Å² / B_iso min: 19.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→45.976 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2906	0	30	313	3249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3086
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.005	4220
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	469
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.925	1131

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.08-2.1472	0.2536	154	0.2232	2646	2800	99
2.1472-2.2239	0.2192	132	0.2217	2702	2834	100
2.2239-2.313	0.2528	141	0.2213	2697	2838	100
2.313-2.4182	0.2415	137	0.2123	2720	2857	100
2.4182-2.5457	0.2495	143	0.2077	2688	2831	100
2.5457-2.7052	0.2671	142	0.2079	2720	2862	100
2.7052-2.914	0.2614	153	0.215	2716	2869	100
2.914-3.2072	0.26	144	0.2081	2746	2890	100
3.2072-3.6711	0.2233	147	0.1872	2765	2912	100
3.6711-4.6245	0.1534	154	0.1504	2812	2966	100
4.6245-45.9872	0.2219	160	0.171	2975	3135	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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