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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oc2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of penicillin-binding protein 3 from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | Penicillin-binding protein 3 | ||||||
キーワード | PENICILLIN-BINDING PROTEIN (ペニシリン結合タンパク質) / penicillin-binding proteins (ペニシリン結合タンパク質) / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Oxford Protein Production Facility (オックスフォード) / OPPF / transpeptidase / cell wall biosynthesis / out periplasmic membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / タンパク質分解 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.968 Å | ||||||
データ登録者 | Sainsbury, S. / Bird, L. / Stuart, D.I. / Owens, R.J. / Ren, J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: Crystal structures of penicillin-binding protein 3 from Pseudomonas aeruginosa: comparison of native and antibiotic-bound forms 著者: Sainsbury, S. / Bird, L. / Rao, V. / Shepherd, S.M. / Stuart, D.I. / Hunter, W.N. / Owens, R.J. / Ren, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3oc2.cif.gz | 206.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3oc2.ent.gz | 163.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3oc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3oc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3oc2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61152.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA4418 / プラスミド: OPPF6502 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q51504 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.66 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 25%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1M Bis-Tris propane, 1%(w/v) protamine sulphate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.968→30 Å / Num. obs: 32803 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 23.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 23.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3150 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.968→29.07 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.838 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.8796 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.968→29.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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