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- PDB-3o89: Crystal Structure of Sperm Whale Myoglobin G65T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o89
タイトルCrystal Structure of Sperm Whale Myoglobin G65T
要素Myoglobinミオグロビン
キーワードOXYGEN STORAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen peroxide mediated signaling pathway / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ミオグロビン / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ミオグロビン
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Huang, X. / Lovelace, L. / Lebioda, L.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Investigations of Structural Factors that Influence the Mechanism of Halophenol Dehalogenation using 'Peroxidase-Like' Myoglobin mutants and 'Myoglobin-Like' Amphitrite ornata Dehaloperoxidase Mutants
著者: Huang, X. / Du, J. / Dawson, J. / Lebioda, L.
履歴
登録2010年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0884
ポリマ-17,2791
非ポリマー8093
4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.439, 90.439, 45.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin / ミオグロビン


分子量: 17279.004 Da / 分子数: 1 / 変異: G65T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 2.6M AS, 50mM Tris 8.5, 1mM EDTA, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→50 Å / Num. obs: 87374 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.95 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.05-1.071.10.5567110.77114.6
1.07-1.091.30.46118340.893137
1.09-1.111.50.4229460.931160.5
1.11-1.131.90.36538720.949179
1.13-1.162.40.30545040.958192.8
1.16-1.182.80.26247791.003197.5
1.18-1.2130.23648330.998198.4
1.21-1.2430.21248781.063199.1
1.24-1.2830.17948381.079199.5
1.28-1.3230.14849291.071199.7
1.32-1.373.10.13148951.11199.7
1.37-1.433.10.11548941.271199.8
1.43-1.493.10.09548841.364199.9
1.49-1.573.10.07149321.2891100
1.57-1.674.10.07649181.5061100
1.67-1.84.80.07748952.168199.9
1.8-1.9860.06849682.6971100
1.98-2.266.10.05149522.764199.9
2.26-2.856.10.04249522.922199.8
2.85-505.90.03549602.878197.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→31.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.185 / WRfactor Rwork: 0.1741 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.9171 / SU B: 0.701 / SU ML: 0.016 / SU R Cruickshank DPI: 0.0297 / SU Rfree: 0.0285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1829 4156 5 %RANDOM
Rwork0.1721 ---
obs0.1727 83174 97.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 308.85 Å2 / Biso mean: 15.258 Å2 / Biso min: 5.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→31.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 53 243 1515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0342.0611770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6065152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8524.25954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.14615237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.59154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0720.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0910.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7681.5773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26421209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9623592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9464.5559
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 241 -
Rwork0.32 4475 -
all-4716 -
obs--75.12 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.565 Å / Origin y: -23.469 Å / Origin z: 0.578 Å
111213212223313233
T-0.0092 Å2-0.0066 Å2-0.0016 Å2-0.0043 Å2-0.0042 Å2--0 Å2
L0.1731 °20.0577 °20.1435 °2-0.0635 °20.0296 °2--0.1264 °2
S-0.0143 Å °-0.0522 Å °0.0056 Å °-0.0114 Å °0.0007 Å °0.0272 Å °0.0397 Å °-0.0346 Å °0.0137 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2001 - 2157
2X-RAY DIFFRACTION1A4001 - 4256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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