ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show HKL-3000データ収集 HKL-2000データ削減 AMoRE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.1→31.99 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.963 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.959 / WRfactor Rfree : 0.185 / WRfactor Rwork : 0.1741 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 1 / FOM work R set : 0.9171 / SU B : 0.701 / SU ML : 0.016 / SU R Cruickshank DPI : 0.0297 / SU Rfree : 0.0285 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R Free : 0.029 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1829 4156 5 % RANDOM Rwork 0.1721 - - - obs 0.1727 83174 97.14 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 308.85 Å2 / Biso mean : 15.258 Å2 / Biso min : 5.81 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.01 Å2 0.01 Å2 0 Å2 2- - 0.01 Å2 0 Å2 3- - - -0.02 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.1→31.99 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1219 0 53 243 1515
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 17) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.006 0.022 1305 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.034 2.061 1770 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg4.606 5 152 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg33.85 24.259 54 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg12.146 15 237 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg11.59 15 4 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.074 0.2 184 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.004 0.02 954 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.201 0.2 661 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.304 0.2 879 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.072 0.2 188 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.195 0.2 31 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.091 0.2 22 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.768 1.5 773 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.264 2 1209 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.962 3 592 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.946 4.5 559
LS精密化 シェル 解像度 : 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.349 241 - Rwork 0.32 4475 - all - 4716 - obs - - 75.12 %
精密化 TLS 手法 : refined / Origin x : 25.565 Å / Origin y : -23.469 Å / Origin z : 0.578 Å11 12 13 21 22 23 31 32 33 T -0.0092 Å2 -0.0066 Å2 -0.0016 Å2 - 0.0043 Å2 -0.0042 Å2 - - 0 Å2 L 0.1731 °2 0.0577 °2 0.1435 °2 - 0.0635 °2 0.0296 °2 - - 0.1264 °2 S -0.0143 Å ° -0.0522 Å ° 0.0056 Å ° -0.0114 Å ° 0.0007 Å ° 0.0272 Å ° 0.0397 Å ° -0.0346 Å ° 0.0137 Å °
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A2001 - 2157 2 X-RAY DIFFRACTION 1 A4001 - 4256