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- PDB-3o1b: CRYSTAL STRUCTURE OF DIMERIC KLHXK1 IN CRYSTAL FORM II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o1b
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DIMERIC KLHXK1 IN CRYSTAL FORM II
要素Hexokinaseヘキソキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / RNaseH-like fold / Hexokinase (ヘキソキナーゼ) / Glycolysis (解糖系) / Glucose repression / ATP binding (アデノシン三リン酸) / Mig1 binding
機能・相同性
機能・相同性情報


hexose metabolic process / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / glucokinase activity / glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1250 / Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. ...Helix Hairpins - #1250 / Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘキソキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kuettner, E.B. / Kettner, K. / Keim, A. / Kriegel, T.M. / Strater, N.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Hexokinase KlHxk1 of Kluyveromyces lactis: A MOLECULAR BASIS FOR UNDERSTANDING THE CONTROL OF YEAST HEXOKINASE FUNCTIONS VIA COVALENT MODIFICATION AND OLIGOMERIZATION.
著者: Kuettner, E.B. / Kettner, K. / Keim, A. / Svergun, D.I. / Volke, D. / Singer, D. / Hoffmann, R. / Muller, E.C. / Otto, A. / Kriegel, T.M. / Strater, N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of hexokinase KlHxk1 from Kluyveromyces lactis
著者: Kuettner, E.B. / Kriegel, T.M. / Keim, A. / Naumann, M. / Strater, N.
履歴
登録2010年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6721
ポリマ－53,6721
非ポリマー00
水0
1
A: Hexokinase

A: Hexokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,3442
ポリマ－107,3442
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)144.503, 57.036, 72.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hexokinase / ヘキソキナーゼ


分子量: 53672.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: CBS2359/152 / 遺伝子: KLLA0D11352g, RAG5 / プラスミド: pTSRAG5 / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / 株 (発現宿主): JA6-delta-rag5 / 参照: UniProt: P33284, ヘキソキナーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1microL reservoir + 1microL protein; reservoir: 22% PEG6000, 0.1M Tris pH 8.0, protein: 10mg/ml KlHxk1, 10mM Tris pH 7.4, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.5mM PMSF , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月28日
放射モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 11502 / % possible obs: 82.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 49.1 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 858 / Rsym value: 0.171 / % possible all: 62.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3O08

3o08


解像度: 2.8→29.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 33.812 / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.435 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FULL B FACTORS AND ANISO RECORDS WERE COMPUTED BY CCP4 PROGRAMM TLSANL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23755 1018 8.9 %RANDOM
Rwork0.17765 ---
obs0.18288 10484 82.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.091 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.68 Å20 Å2-2.82 Å2
2--7.63 Å20 Å2
3----3.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3708 0 0 0 3708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223783
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9561.9785124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4995476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.01725.183164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.5415667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6551516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.37632366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73143823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14261417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.96491301
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 58 -
Rwork0.315 595 -
obs--64.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8905-2.22030.62091.9881-0.46972.08750.17651.20810.1721-0.0697-0.01120.01780.01370.124-0.16530.2612-0.04930.05080.29670.05160.186358.157113.722112.6594
26.46051.20860.37295.1776-2.33626.08810.15210.7453-0.1198-0.27930.17490.46950.7364-0.5348-0.3270.28370.0106-0.02690.22880.05350.302730.074511.043924.9763
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 76
2X-RAY DIFFRACTION1A210 - 456
3X-RAY DIFFRACTION2A77 - 209
4X-RAY DIFFRACTION2A457 - 485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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