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万見
- PDB-3ny9: Crystal structure of the human beta2 adrenergic receptor in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ny9
タイトルCrystal structure of the human beta2 adrenergic receptor in complex with a novel inverse agonist
要素Beta-2 adrenergic receptor, Lysozyme
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / G Protein-coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / Lysozyme (リゾチーム) / Fusion / Transducer (トランスデューサー) / Adrenergic / G-Proteins (Gタンパク質) / Arrestins (アレスチン) / Adrenalin / Compound 2 / Glycosylation (グリコシル化) / Palmitoylation (パルミトイル化反応) / Phosphorylation (リン酸化) / HYDROLASE (加水分解酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D / GPCR Network / GPCR (Gタンパク質共役受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway by arrestin / beta2-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / アドレナリン受容体 / 熱力学 / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity ...desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway by arrestin / beta2-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / アドレナリン受容体 / 熱力学 / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of lipophagy / response to psychosocial stress / negative regulation of multicellular organism growth / endosome to lysosome transport / adrenergic receptor signaling pathway / diet induced thermogenesis / neuronal dense core vesicle / positive regulation of protein kinase A signaling / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / brown fat cell differentiation / regulation of sodium ion transport / bone resorption / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity / receptor-mediated endocytosis / response to cold / peptidoglycan catabolic process / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / リゾチーム / Clathrin-mediated endocytosis / lysozyme activity / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / positive regulation of MAPK cascade / transcription by RNA polymerase II / リソソーム / cell surface receptor signaling pathway / エンドソーム / receptor complex / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / エンドソーム / defense response to bacterium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / リゾチーム / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / Chem-JSZ / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Endolysin / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Fenalti, G. / Wacker, D. / Brown, M.A. / Katritch, V. / Abagyan, R. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D) / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Conserved Binding Mode of Human beta(2) Adrenergic Receptor Inverse Agonists and Antagonist Revealed by X-ray Crystallography
著者: Wacker, D. / Fenalti, G. / Brown, M.A. / Katritch, V. / Abagyan, R. / Cherezov, V. / Stevens, R.C.
履歴
登録2010年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月23日Group: Database references
改定 1.32012年8月8日Group: Other
改定 1.42017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2 adrenergic receptor, Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4235
ポリマ－55,9581
非ポリマー1,4654
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.580, 75.900, 174.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-2 adrenergic receptor, Lysozyme / / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 55957.926 Da / 分子数: 1
断片: Chimeric protein of Beta-2 Adrenoreceptor 1-230, Lysozyme 2-161, Beta-2 adrenergic receptor 263-348
変異: E122W, N187E, C1054T, C1097A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR, E / プラスミド: PFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P07550, UniProt: P00720
#2: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#3: 化合物 ChemComp-JSZ / ethyl 4-({(2S)-2-hydroxy-3-[(1-methylethyl)amino]propyl}oxy)-3-methyl-1-benzofuran-2-carboxylate / 4-[(S)-2-ヒドロキシ-3-(イソプロピルアミノ)プロピルオキシ]-3-メチルベンゾフラン-2-カルボン酸エチル


分子量: 335.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H25NO5
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化温度: 293 K
詳細: 100 mM Tris/HCl pH 7.5-8, 5% 1,4 butanediol, 220 mM Na-formate, 27% PEG 400, Lipidic Cubic Phase (LCP) Crystallization, temperature 293-295K
PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.0332
シンクロトロンAPS 23-ID-D21.0332
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2009年11月19日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2009年12月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→40 Å / Num. all: 13388 / Num. obs: 12234 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.84 % / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 7.08
反射 シェル解像度: 2.84→2.98 Å / 冗長度: 2.93 % / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique all: 1749 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3D4S

3d4s


解像度: 2.84→37.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 19.156 / SU ML: 0.372 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.446 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27839 612 5 %RANDOM
Rwork0.21889 ---
obs0.22183 11620 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.384 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7 Å20 Å20 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3----4.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→37.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3466 0 105 8 3579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.9714986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8785438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.84323.082146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.67715585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6531520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022647
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.913 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 38 -
Rwork0.312 730 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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