PDB-3nwy: Structure and allosteric regulation of the uridine monophosphate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nwy

タイトル

Structure and allosteric regulation of the uridine monophosphate kinase from Mycobacterium tuberculosis

要素

Uridylate kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / allosterically activated form / AAK fold /

UMP kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP kinase /

UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process /

リン酸化 / magnesium ion binding /

ATP binding /

細胞膜 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Labesse, G. / Munier-Lehmann, H.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structural and functional characterization of the Mycobacterium tuberculosis uridine monophosphate kinase: insights into the allosteric regulation.
著者: Labesse, G. / Benkali, K. / Salard-Arnaud, I. / Gilles, A.M. / Munier-Lehmann, H.

履歴

登録	2010年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nwy.cif.gz	514.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nwy.ent.gz	425.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nwy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/3nwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/3nwy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a1f-d 4rh3-3 2bnd-1 2v4y-d 2j4k-d 2j4l-1 1ybd-5 4rh3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uridylate kinase

B: Uridylate kinase

C: Uridylate kinase

D: Uridylate kinase

E: Uridylate kinase

F: Uridylate kinase

ヘテロ分子

181 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.710, 175.480, 65.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uridylate kinase / UK / Uridine monophosphate kinase / UMP kinase / UMPK 分子量: 29625.893 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT2951, MTCY274.14c, pyrH, Rv2883c / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P65929, UniProt: P9WHK5*PLUS, UMP kinase
#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / ウリジン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: Na/K Tartrate 1.1 M HEPES pH 7.7 0.1 M MPD 2%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9185 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月7日
放射	モノクロメーター: unknown / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9185 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→87.7 Å / Num. all: 57384 / Num. obs: 51899 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.121 / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.49→2.6 Å / % possible all: 61.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 2.54→87.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 17.771 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.341 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26859	2372	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20474	-	-	-
obs	0.20813	43188	86.11 %	-
all	-	53194	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.273 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.41 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.3338 Å	0.3338 Å
Luzzati d res low	-	0.3338 Å
Luzzati sigma a	0.3338 Å	0.3338 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→87.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9987	0	217	142	10346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	10332
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	2	14020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.915	3	16346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.148	5	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.63	23.575	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.686	15	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.843	15	85
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.506	1.5	6667
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.065	1.5	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.932	2	10584
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.136	3	3665
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.916	4.5	3436
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.54→2.604 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	14	-
R_work	0.338	311	-
obs	-	-	8.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7975	0.0553	0.4093	0.8961	-0.6018	0.8559	-0.0316	0.0357	0.0101	0.0446	-0.0054	-0.0368	-0.011	-0.0183	0.037	0.0739	-0.0352	-0.0002	0.1253	0.0117	0.0741	69.6831	17.9805	24.3794
2	0.3466	0.1082	0.1173	1.0231	-0.2818	1.7654	0.0033	-0.0725	0.0093	0.0071	-0.0587	0.0411	-0.0963	-0.0517	0.0553	0.0712	-0.0186	0.0276	0.146	-0.0107	0.0693	63.8708	32.7655	50.4923
3	0.4815	-0.1957	0.4671	1.0134	-0.1859	1.7534	0.0366	-0.003	0.0215	-0.0535	0.0016	-0.0083	-0.0349	0.1775	-0.0382	0.071	-0.0742	0.0208	0.1662	-0.0243	0.0499	96.3682	45.7348	46.4041
4	1.1874	0.3962	0.6696	0.5874	-0.2776	1.9237	0.0336	0.0122	-0.085	-0.018	0.0045	-0.0406	-0.2084	0.0451	-0.0381	0.1028	-0.0586	0.0259	0.1472	-0.0308	0.0403	97.6781	37.5703	22.5679
5	1.0824	0.4102	0.8717	0.8566	0.2408	1.8129	0.0784	-0.0744	-0.1036	0.0248	0.0654	-0.1534	0.091	-0.0239	-0.1438	0.05	-0.0089	-0.0335	0.0963	0.029	0.126	89.1056	12.4204	38.612
6	1.275	0.0736	0.0381	0.8526	-0.1137	1.5309	-0.0042	0.0036	0.1446	-0.1368	0.003	0.0849	-0.0692	-0.0566	0.0012	0.1478	0.0003	-0.0292	0.0835	0.0159	0.0943	68.0522	51.1308	34.4693
7	1.9075	0.0101	0.775	1.2321	0.8843	2.9105	0.0757	-0.0338	-0.0271	0.0304	-0.0042	0.2227	0.2918	-0.3977	-0.0715	0.0519	-0.0958	-0.0078	0.179	0.0107	0.0928	50.4143	13.176	22.4329
8	2.9478	0.7358	-0.1202	1.3415	1.464	1.9741	0.0187	-0.1437	-0.1868	-0.0092	-0.1371	0.1699	0.017	-0.2678	0.1185	0.0799	-0.0346	0.026	0.1603	0.0896	0.1624	49.2484	20.4828	54.3779
9	2.5541	0.0303	0.3166	2.1575	-0.2586	1.9594	0.3236	-0.2253	0.3464	-0.0428	-0.1009	0.0299	-0.4205	0.2989	-0.2227	0.1633	-0.0987	0.0947	0.1351	-0.1249	0.114	95.7471	63.1836	56.1222
10	2.6221	-0.7599	-0.1722	1.3395	-0.1829	1.3298	-0.0235	0.2398	-0.2412	0.0024	0.0513	-0.0915	-0.0618	0.0905	-0.0278	0.0245	-0.0524	0.0448	0.2085	-0.1035	0.0962	111.8542	26.3921	12.7129
11	1.4077	-1.9259	0.3866	2.8645	0.5971	3.6212	0.5041	0.0598	-0.2078	0.0362	0.2096	-0.318	0.6904	0.8558	-0.7137	0.2192	0.1806	-0.3481	0.1944	-0.1845	0.4553	106.3195	5.5728	37.9342
12	1.6971	1.0424	-0.0746	4.1102	0.1219	0.6111	-0.0119	-0.0624	0.4935	-0.1302	-0.0186	0.0307	-0.2092	-0.0226	0.0306	0.1995	0.013	-0.0153	0.0088	-0.005	0.1713	71.4323	69.9231	35.6224
13	0.2119	0.1469	-0.1018	0.0959	-0.0159	0.2384	0.0095	0.0244	-0.0139	0.0171	-0.0387	-0.0128	-0.045	-0.0306	0.0292	0.0522	-0.0042	0.0077	0.2144	0.0398	0.0759	75.5614	32.4455	38.9326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	29 - 176
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	262
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	29 - 176
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	262 - 263
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	29 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	262
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	29 - 176
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	262
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	29 - 176
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	262
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	29 - 176
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	262
13	X-RAY DIFFRACTION	7	A	177 - 261
14	X-RAY DIFFRACTION	8	B	177 - 261
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	177 - 261
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	177 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	11	E	177 - 261
18	X-RAY DIFFRACTION	12	F	177 - 261
19	X-RAY DIFFRACTION	13	W	9 - 516

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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