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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nlq | ||||||
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タイトル | Structure of neuronal nitric oxide synthase D597N/M336V mutant heme domain in complex with 6-{{(3'R,4'R)-3'-[2"-(3'''-fluorophenethylamino)ethoxy]pyrrolidin-4'-yl}methyl}-4-methylpyridin-2-amine | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, brain一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / nitric oxide synthase (一酸化窒素合成酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / heme enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / アズール顆粒 / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / Ion homeostasis ...positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / アズール顆粒 / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / Ion homeostasis / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / response to nitric oxide / postsynaptic specialization, intracellular component / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / behavioral response to cocaine / postsynaptic density, intracellular component / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / ヘルト萼状シナプス / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of serotonin uptake / sodium channel regulator activity / regulation of neurogenesis / striated muscle contraction / regulation of postsynaptic membrane potential / negative regulation of insulin secretion / response to vitamin E / nitric-oxide synthase (NADPH) / multicellular organismal response to stress / xenobiotic catabolic process / nitric-oxide synthase activity / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / NADPH binding / regulation of sodium ion transport / response to organonitrogen compound / cellular response to epinephrine stimulus / sarcoplasmic reticulum membrane / 横行小管 / photoreceptor inner segment / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / response to nutrient levels / response to activity / response to nicotine / 筋小胞体 / muscle contraction / 分泌 / female pregnancy / positive regulation of long-term synaptic potentiation / cell periphery / establishment of localization in cell / phosphoprotein binding / response to lead ion / 筋鞘 / establishment of protein localization / potassium ion transport / response to organic cyclic compound / response to peptide hormone / cellular response to growth factor stimulus / Z disc / vasodilation / cellular response to mechanical stimulus / response to estrogen / calcium-dependent protein binding / calcium ion transport / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / NADP binding / ATPase binding / response to heat / scaffold protein binding / response to ethanol / 核膜 / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / response to hypoxia / 細胞骨格 / calmodulin binding / 脂質ラフト / negative regulation of cell population proliferation / 樹状突起 / glutamatergic synapse / シナプス / heme binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Delker, S.L. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010 タイトル: Exploration of the Active Site of Neuronal Nitric Oxide Synthase by the Design and Synthesis of Pyrrolidinomethyl 2-Aminopyridine Derivatives. 著者: Ji, H. / Delker, S.L. / Li, H. / Martasek, P. / Roman, L.J. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nlq.cif.gz | 365.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nlq.ent.gz | 295.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nlq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/3nlq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/3nlq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3nldC 3nleC 3nlfC 3nlgC 3nlhC 3nliC 3nljC 3nlkC 3nlmC 3nlnC 3nloC 3nlpC 3nlrC 1om4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48779.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 297-718 / 変異: D597N, M336V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nos1, Bnos / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29476, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 7種, 224分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / | #7: 化合物 | ChemComp-ZN / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 20-24% PEG3350, 100mM MES, 100-140mM ammonium acetate, 5mM GSH, 35uM SDS, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月7日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 52037 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 24.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.595 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1OM4 解像度: 2.15→37.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 20.691 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.823 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→37.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.204 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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