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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nis | ||||||
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タイトル | The structure of UBR box (native2) | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase UBR1 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / E3 ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) / UBR box / Zinc-binding protein (ジンクフィンガー) / N-end rule / Ligase (リガーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of dipeptide transport / UBR1-RAD6 ubiquitin ligase complex / proteasome regulatory particle binding / stress-induced homeostatically regulated protein degradation pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome regulatory particle, base subcomplex / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...regulation of dipeptide transport / UBR1-RAD6 ubiquitin ligase complex / proteasome regulatory particle binding / stress-induced homeostatically regulated protein degradation pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome regulatory particle, base subcomplex / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein monoubiquitination / ubiquitin ligase complex / : / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å | ||||||
データ登録者 | Choi, W.S. / Jeong, B.-C. / Lee, M.-R. / Song, H.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Structural basis for the recognition of N-end rule substrates by the UBR box of ubiquitin ligases 著者: Choi, W.S. / Jeong, B.-C. / Joo, Y.J. / Lee, M.-R. / Kim, J. / Eck, M.J. / Song, H.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nis.cif.gz | 84.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nis.ent.gz | 62.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nis.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/3nis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/3nis | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9236.394 Da / 分子数: 4 / 断片: UBR-type domain, residues 115-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UBR box 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P19812 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 % / Mosaicity: 0.475 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.02M calcium chloride dehydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.8, 30%(v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 35555 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.793 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 270967 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3NIT 解像度: 1.68→25.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.638 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.03 Å2 / Biso mean: 25.003 Å2 / Biso min: 8.72 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→25.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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