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- PDB-3nbx: Crystal structure of E. coli RavA (Regulatory ATPase variant A) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nbx
タイトルCrystal structure of E. coli RavA (Regulatory ATPase variant A) in complex with ADP
要素ATPase ravA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / AAA+ ATPase / alpha-beta-alpha structure / Rossmann fold (ロスマンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1510 / Lipocalin - #430 / ATPase, RavA, C-terminal / ATPase RavA / ATPase RavA-like, AAA lid domain / MoxR domain / ATPase RavA, LARA domain / ATPase RavA, LARA domain superfamily / ATPase, RavA, C-terminal / AAA lid domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1510 / Lipocalin - #430 / ATPase, RavA, C-terminal / ATPase RavA / ATPase RavA-like, AAA lid domain / MoxR domain / ATPase RavA, LARA domain / ATPase RavA, LARA domain superfamily / ATPase, RavA, C-terminal / AAA lid domain / MoxR domain in the MoxR-vWA-beta-propeller ternary systems / ATPase, RavA, LARA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Lipocalin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATPase RavA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者El Bakkouri, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of RavA MoxR AAA+ protein reveals the design principles of a molecular cage modulating the inducible lysine decarboxylase activity
著者: El Bakkouri, M. / Gutsche, I. / Kanjee, U. / Zhao, B. / Yu, M. / Goret, G. / Schoehn, G. / Burmeister, W.P. / Houry, W.A.
履歴
登録2010年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: ATPase ravA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1663
ポリマ－56,6431
非ポリマー5232
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.232, 162.232, 55.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HEXAMER AND CAN BE GENERATED USING THE FOLLOWING MATRIX. 1.000000 0.000000 0.000000 -0.00000 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.519950 -0.829970 0.201980 -13.57312 0.788100 0.557320 0.261340 -13.64050 -0.329470 0.023300 0.943880 1.85240 -0.461170 -0.884830 0.066300 -8.33842 0.735400 -0.339340 0.586540 -32.81131 -0.496490 0.319260 0.807200 9.92959 -0.958100 -0.112630 -0.263350 10.26787 -0.081610 -0.773990 0.627920 -37.96370 -0.274550 0.623100 0.732370 14.40234 -0.453740 0.726710 -0.515760 25.73058 -0.888740 -0.326650 0.321620 -21.89569 0.065250 0.604310 0.794080 12.19125 0.511830 0.781950 -0.355780 19.18100 -0.828960 0.558250 0.034410 -4.21656 0.225520 0.277320 0.933940 5.02638

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要素

#1: タンパク質 ATPase ravA / Regulatory ATPase variant A


分子量: 56642.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 6His tag followed by TEV cleavage site / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 MG1655 / 遺伝子: b3746, JW3725, ravA, yieN / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS
参照: UniProt: P31473, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 2 mM ATP, 10 mM MgCl2, 0.1-0.6 M ammonium sulfate, 10-20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.004 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月25日
詳細: 1 collimating mirror, 1 focusing toroidal mirror Si(111) double crystal monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→29.7 Å / Num. all: 18552 / Num. obs: 18402 / % possible obs: 99.19 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.91→3.04 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2268 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.91→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 15.524 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26923 939 5.1 %RANDOM
Rwork0.22345 ---
obs0.22574 17463 99.31 %-
all-18552 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.216 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.31 Å2-1.16 Å20 Å2
2---2.31 Å20 Å2
3---3.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.379 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3847 0 32 44 3923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.971.9795348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5795478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.43324.18189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.85115712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9911532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.22694
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.27
LS精密化 シェル解像度: 2.91→2.985 Å / Rfactor Rfree error: 0.053 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 53 -
Rwork0.345 1183 -
obs-1183 93.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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